最近看到了2023的一个数据库挖掘文章《Identification of ferroptosis-related genes in the progress of NASH》,里面有一个韦恩图展现了作者自己的转录组定量流程拿到的表达量矩阵的全部基因去跟铁死亡数据库记录的基因做交集,但是居然交集很少,如下所示: 居然交集很少 可以看到,铁死亡数据库
数据库使用方法: 一. 首页 二.数据库检索 三.数据下载 四.在线分析 铁死亡他又又又来啦,这个热点实在是太受关注了,让人无法拒绝(上一次研究铁死亡方向还是在上一次)不知道 大家有没有用过FerrDB这个铁死亡数据库,为了跟上铁死亡的研究进度提供高质量的最及时数据,在数据库作者的努力下,今天要给大家介绍的FerrDB ...
另外,铁死亡数据库还提供了在线分析的功能(敲黑板),点击UNilities可以直接在网站实现基础的调控网络、富集分析、(相关性分析、差异分析还在开发中) 01 regulation network 铁死亡调控网络,点击regulation network进入页面,先选择基因类型(驱动基因还是抑制基因),就可以看到所有铁死亡相关基因的网络,在页面左上方搜索我们想要的...
大量研究表明，参与肿瘤癌症发展的TP53、BAP1等也可控制SLC7A11下调来促进铁死亡。[3]...
可以看到,铁死亡数据库记录的基因有接近40%都不在人类已经基因里面,非常的诡异。 人类这个物种的基因数量解析 只需要打开任意就近的GTF(Gene Transfer Format)文件即可,它是一种广泛使用的基因组注释文件格式,它详细描述了基因组中的各种基因特征。在GTF文件中,每一行代表一个基因组特征,并且通常会包含该特征的类型(ge...
下面介绍一下这个数据的用法: 一、首先打开网页 主页面主要展示的是数据库简介,主要菜单栏,主要功能的直接链接和搜索功能等,面显示如下: 1 在数据库简介里面介绍了数据里涉及的主要内容,包括铁死亡相关基因和分子的分类及铁死亡相关疾病: (1) ...
可以看到,铁死亡数据库记录的基因有接近40%都不在人类已经基因里面,非常的诡异。 人类这个物种的基因数量解析 只需要打开任意就近的GTF(Gene Transfer Format)文件即可,它是一种广泛使用的基因组注释文件格式,它详细描述了基因组中的各种基因特征。在GTF文件中,每一行代表一个基因组特征,并且通常会包含该特征的类型(ge...
FerrDb数据库是由广州医科大学附属脑科医院、四川大学生命科学学院以及生物资源与生态环境教育部重点实验研究团队共同建成的, FerrDb是现如今第一个人工整理的铁死亡数据库,用于管理和鉴定铁死亡相关的标志物和调控因子以及铁死亡关联疾病的数据库 。FerrDb中的数据都可免费下载和使用。
下面介绍一下这个数据的用法: 一、首先打开网页 主页面主要展示的是数据库简介,主要菜单栏,主要功能的直接链接和搜索功能等,面显示如下: 1 在数据库简介里面介绍了数据里涉及的主要内容,包括铁死亡相关基因和分子的分类及铁死亡相关疾病: (1) Driver是驱动铁死亡的基因; ...
本报告旨在探讨铁死亡基因数据库(以下简称“数据库”)在生命科学研究领域的应用及其功能解析。通过对该数据库的全面分析,我们将深入理解其如何助力科研人员进行精准研究,并揭示其独特的技术优势与应用场景。此外,我们还将讨论数据库未来的发展方向以及可能面临的挑战,从而为相关领域提供有价值的参考意见。