作者利用CataPro模型结合传统方法,从大量候选酶中筛选出一种名为Sphingobium sp.CSO(SsCSO)的酶。这一过程首先从UniProt数据库中检索与初始酶CSO2具有较高序列相似性的酶序列,然后通过CataPro模型对这些酶的kcat和Km值进行预测,最后通过湿实验检测筛选出的候选酶在催化4-VG转化为香兰素的催化效率。最终,他们发现SsCSO...
酶挖掘方法基本上分为两个步骤,包括:材料鉴定和酶挖掘。在材料鉴定阶段,通过细胞测试、放射性标记、生物信息学等技术,从大量的细胞样品中筛选出特定的化合物。找到这些特定的化合物后,将其放入酶挖掘器室,再将这些特定的化合物分离出来。在酶挖掘过程中,会使用各种不同的酶,以及各种特殊的条件来进行分离和提取。
酶资源挖掘实验室是一个专注于酶资源研究和应用的科研团队。酶作为生物体内的高效催化剂,具有广泛的应用前景。实验室通过深入探索酶的特性和功能,旨在发掘其更多潜在价值,为生物技术和工业领域注入新的活力。 一、研究方向 实验室的研究方向主要围绕酶的发掘、改造和...
挖掘过程需借助先进测序技术获取海量宏基因组数据。生物信息学工具对分析宏基因组数据至关重要。可通过功能筛选策略从宏基因组文库找活性酶基因。序列相似性搜索是识别潜在酶基因的常用方法。特定环境宏基因组如深海热液区富含独特酶基因。土壤宏基因组也是挖掘具有应用价值酶基因的宝库。 新酶基因挖掘为工业酶的开发提供...
在进行酶挖掘时,研究者可以利用多个公共数据库来获取酶的信息。常用的数据库包括: UniProt:一个全面的蛋白质序列和功能信息数据库,提供了大量的酶序列和相关注释。 NCBI GenBank:一个核酸序列数据库,包含了众多生物体的基因组信息,研究者可以从中找到与酶相关的基因序列。
食品酶资源挖掘实验室是一家专注于食品酶研究和应用开发的科技企业。实验室拥有一支由食品科学、生物技术和化学等专业人才组成的研发团队,致力于从天然资源中挖掘和开发出更具活性和安全性的食品酶,为食品加工和生产提供更多选择和方案。 二、食品酶在食品...
摘要:近年来,噬菌体Φ29 (Phi29) DNA聚合酶因其具有恒温高保真扩增的能力,成为热点关注对象。为了进一步推进这类等温聚合酶的工业化应用,本研究将已表征的Phi29 DNA聚合酶序列针对微生物宏基因组进行新酶挖掘与表征。在植物宿主群体的宏基因组中,鉴...
FISH-scRACS-seq技术能够在全生态系统范围,以单个菌体的精度,建立生态过程特征、细胞原位代谢能力、全基因组序列、代谢途径、酶催化功能五个生命尺度之间的关联机制,为微生物及其酶资源的发现和挖掘开辟了新的技术路线。相关研究成果发表在《创新》(The Innovation)上。
这篇工作的重大卖点之一是:利用 AlphaFold2 的预测并基于结构差异聚类了“整个”蛋白家族,而根据结构聚类的结果,作者不仅发现了与已知酶结构相似的新酶,而且在经过实验验证后发现,一些结构相似的新酶其实具有不同的功能。 在这之后,作者对挖掘到的新酶进行了工程改造。 单从蛋白计算的角度看,这篇工作所使用的的计算...
吉林大学分子酶学工程教育部重点实验室的王磊教授课题组致力于研究利用人工酶挖掘新型非天然反应,以实现绿色高效的有机合成。通过设计全新的人工金属酶,以《Enzyme-Controlled Bidirectional Enantioselectivity in Asymmetric Decarboxylative Mannich Rea...