Rosetta是蛋白质设计中的重要平台,在蛋白质设计领域中占有重要地位。本文以2016年的文献Rosetta and the Design of Ligand Binding Sites进行实践,探索用Rosetta进行配体结合位点的设计。经过三个月实践成功,得到本文档,在此分享给读者,希望能够帮到有需要的读者完成实验工作,早发文章!
三肽连接部分(LFluo, 黑色虚线框内)不结合PI3Kα6;B,Cpd16–PI3Kα、Cpd17–PI3Kα和Cpd18–PI3Kα三个复合物冷冻电镜结构对比图,Y型配体使用球棍模式显示。 Cpd17以Y型构象结合在PI3Kα上,其中一条侧链(2,3-二甲基喹喔啉-6-羧酰胺)插入到先前未知、由R770和W780形成的“三明治”型口袋(Sandwich pocket)...
即使具有正确放置了配体的起始结构,也应该将molfile_to_params.py生成的结构对齐到口袋中,以便原子命名正确。 在进行蛋白设计时会包含蛋白与配体的多次对接,因此需要先指定配体每个原子的起始坐标,这样配体才能在指定的对接盒子中移动和扭转,与结合口袋发生相互作用。 为此,只需要在PyMOL中打开蛋白结构、以及前文Rosetta...
该新的配体结合位点,在STING-apo和STING-cGAMP状态时,是一个相对很窄小的口袋,而激动剂C53是通过诱导契合的机制结合到该位点。结合生化结果,在细胞内C53结合至该跨膜区配体结合位点,可独立激活STING蛋白;而cGAMP和C53双配体都结合时,STING的活性强...
图4. DeepPocket检测到的HIV-1蛋白酶(PDB ID: 1K2C)和孕酮配体结合域(PDB ID: 1SQN)的顶部和细分口袋(“浅蓝色”体积)。图片来自JCIM结论总结本文介绍了一种方法DeepPocket，它遵循多步骤方法来识别蛋白质三维结构上的配体结合位点。主要包括三个步骤，提取候选口袋中心，使用3D CNNs分类模型对它们进行排序，...
根据蛋白质结构预测配体结合位点在阐明蛋白质功能和药物设计方面有许多应用,具体包括药物副作用预测、基于片段的药物发现、对接优先级排序、基于结构的虚拟筛选和基于结构的靶标预测(或称为反向虚拟筛选)等方面。它通常是复杂的计算药物设计工程中的关键步骤。鉴定可与蛋白质结合的配体或小分子也是预测蛋白质功能的重要线索...
RNA 1EI2的结合位点包括13个核苷酸,RLBind可以成功识别8个结合位点残基,没有假阳性(图3A)。RNA 1EI2的精密度为1.0,召回率为0.615。前Q1核糖开关适体(PDB代码:3Q50)是一种重要的调节元件,可以通过与小分子配体结合来促进或减弱基因表达。更具体地说,RNA 3Q50的结合位点由八个核苷酸组成,令人兴奋的是,可以成功...
《基于结构与序列信息的蛋白质-配体结合位点的预测》是依托南开大学，由杨建益担任项目负责人的青年科学基金项目。中文摘要 蛋白质是细胞中重要的生物大分子，它们通过与配体的相互作用来执行其生物学功能。因此对蛋白质-配体结合位点的预测能为研究蛋白质功能提供重要依据。蛋白质-配体结合位点的预测方法主要包括基于模板...
王丽颖;于永利;Chris W Turk.成纤维细胞生长因子受体1配体精细结合位点的确定.中华微生物学和免疫学杂志.2001.117-120王丽颖,于永利,Chris W Turk,WANG Liying,YU Yongli,Chris W Turk. 成纤维细胞生长因子受体1配体精细结合位点的确定[J].中华微生物学和免疫学杂志 2001.成纤维细胞生长因子受体1配体精细结合位点的...