1. 参考通路图 (map) 这里以 TCA循环 的通路图为例,进入参考通路图(Reference pathway)。这是原始版本的通路,也是后续几种通路图的"模板"。每个白框可以代表直系同源基因,酶,反应,也可以点击链接至KO,ENZYME和REACTION详细信息。 上述的形状,箭头,线段代表如下意义: 2. 物种特异性通路 (org) 我们选择人的物种名Homo s
这种分析方法依托的是由Kanehisa实验室在1995年开发的KEGG数据库,全称为 Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(京都基因与基因组百科全书)。它拥有多个子数据库,包含基因组,生化反应,生化物质,疾病与药物,以及最常用PATHWAY通路信息。 KEGG富集通路图 对应符号含义...
这两种图很好区分,reference pathway 在KEGG中的名字是以map 开头的,比如map00010,就是糖酵解途径的参考图,而特定物种的代谢通路图开头三个字符不是map而是种属英文单词的缩写(应该就是一个属的首字母+2个种的首字母)比如酵母的糖酵解通路图,就是sce00010,大肠...
要解读KEGG富集通路图，首先需理解图中的节点和边代表的含义。节点通常表示基因、化合物或生物过程，边则表示它们之间的相互作用或关系。不同颜色和大小的节点与边代表不同程度的富集或关联强度。在分析结果中，通过颜色编码识别显著富集的通路或途径。通常，颜色越深表示富集程度越高。结合统计指标如P值或...
KO pathway即为 KO 通路，点击可以查看 HIF-1 KO 表现形式的通路图。3、进入通路图后点击Change ...
先上KEGG下载一个Wnt的信号通路图,如下: 绝壁是很高大上的不是么?这要咋看呢?其实这张图上把三个Wnt通路都画上去了,也就是Wnt/β-Catenin(经典Wnt通路),Wnt/PCP(平面的细胞极性途径)和Wnt/Ca2+(Wnt/钙离子)三条信号通路组成,我们就删减一下,就光看经典的Wnt通路,就变成了下面这个模样: 感觉还是很高大...
在分析电路图时，首先要观察电流的流向。在外部电路中，电流通常从电源的正极流出，经过用电器后回到电源的负极。通过识别分电流点和会合电流的位置，我们可以区分干路和支路。如果发现有一条导线直接连接电源的正负两极，则表明存在电源短路的情况；若干路或支路中的某个用电器两端有一条导线相连，这将导致...
KEGG pathway中有着大量的通路图,以PI3K-Akt signaling pathway(ko04151)为例,里面包含了大量的蛋白等化合物,以及它们之间相互作用的关系,那么我们如何快速的读懂这些通路包含的信息,且看师兄用三张图片让你快速入门。。。 compound【n. [化学]化合物;混合物;复合词】 phosphorylation...
提示:请点击标题下方蓝色实验万事屋,添加关注后,发嗯可以查看我们之前 的文章。 未经允许,其他民众号不得转载哦 科教兴国 4
KEGG上的信号通路图怎么看,提示,请点击标题下方蓝色,实验万事屋,添加关注后,发,嗯,可以查看我们之前的文章,未经允许,其他公众号不得转载哦,想要把自己研究的分子扯上明星分子或者明星通路,那是不难,难的是具体到底要怎么去扯,芯片结果啊,生