D’反应群体的重组历史,适用于研究群体连锁不平衡程度,r2反应等位基因相关程度,适用于GWAS。LD衰减作图中通常采用r2来表示群体的LD水平;Haplotype Block中通常采用D'来定义Block;迁移、突变、选择、有限的群体大小以及其他引起等位基因频率改变的因素,这些都会引起LD变化,下面尝试计算一下LD吧~ 图2 D’和r2的计算 小...
vcftools --vcf ALL.chr1.phase3_shapeit2_mvncchr1_integrated_v5a.20130502.genotypes.vcf --plink --out chr1; ##plink可识别单个位点或者多个位点文件,但每条染色体要单独计算 plink --noweb --file chr1 --make-bed --out chr1; plink --noweb --file chr1 --r2 --ld-snp rs2840528 --ld-...
当r2=1,表示连锁完全不平衡,没有重组,说明两个位点之间是完全独立的 当r2=0,表示连锁完全平衡,随机组合同时,r2=1有更严格的解释:两个位点的等位基因有相同的频率,并且一个位点某个等位基因的出现完全预示着另外一个位点相应等位基因的出现,这时候两个位点组成的四种可能的单倍型仅表现为两种。 与D'相比,r2在连...
LD衰减作图中通常采用r2来表示群体的LD水平;Haplotype Block中通常采用D'来定义Block;迁移、突变、选择、有限的群体大小以及其他引起等位基因频率改变的因素,这些都会引起LD变化,下面尝试计算一下LD吧~ 图2 D’和r2的计算 小Tips: 当D'=0,r2=0时,处于完全连锁平衡状态 当D'=1,r2=1时,处于完全连锁不平衡状态...
的计算方法: = D * D / P(A)P(a)P(B)P(b) 当r2 = 1,表示连锁完全不平衡,没有重组 当r2 = 0,表示连锁完全平衡,随机组合 与D' 相比, 具有较强的群体遗传学理论基础和一些统计学上的优势: 的期望值与有效群体大小及重组系数相关, = 1 / (1 + 4 * Ne * C) ...
##plink可识别单个位点或者多个位点文件,但每条染色体要单独计算 plink --noweb --file chr1 --make-bed --out chr1; plink --noweb --file chr1 --r2 --ld-snp rs2840528 --ld-window-kb 1000 --ld-window 99999 --ld-window-r2 0;
在做MR研究时,我们有一步非常重要,那就是去除存在连锁不平衡的IV。连锁不平衡主要是使用两个参数r2和kb来衡量: (1)r2:它是0~1之间的数据,r2=1表示两个SNP间是完全的连锁不平衡关系,r2=0则表示两个SNP间是完全连锁平衡的,也即这两个SNP的分配是完全随机的。
*r2(squareofcorrelation):r2是相邻位点等位基因连锁频率与其期望值之间相关性的平方。r2=1表示完全连锁,r2=0表示完全连锁平衡。 连锁不平衡与表型相关性分析的步骤 1.LD计算:使用HapMap或1000GenomesProject等参考数据库中已知LD信息,或使用LinkageDisequilibriumPlatform(LDP)等软件计算待研究SNP之间的LD。
连锁不平衡指的是在某一群体中，两个基因同时遗传的频率大于随机组合的频率。用于衡量连锁不平衡程度的指标主要有 D、D'和r2 三个指标，其计算原理见： 连锁不平衡：linkage disequilibrium D ≠ 0，两基因间连锁不平衡（D值无法比较不同基因之间连锁程度的大小, 因为它是根据每个基因allel的频率计算...
3、LD的度量⑴D=pABpApB r2=D2/p apApbpB |D'|=D/min(pApb,papB)(当 D<0) |D'|=D/min(pApB,papb)(当 D>0)还有很多LD的度量,去看第八讲PPT 全文共计783个字 阅读量 25612 赞56 收藏52 分享65 来源于百度教育 本文仅代表作者观点不代表百度立场,未经许可不得转载 ...