本文首发于“生信补给站”,https://mp.weixin.qq.com/s/Gl6BChxSYbSHMo9oMpufPg 连锁不平衡图,用来可视化不同SNP之间的连锁程度,前同事间俗称“倒三角”图。 本文使用自己的数据,因为安装R包后使用内置数据集运行出结果较容易,但是自己的数据就可能会有一些不大不小的“坑”,我替你们趟了。。。 一 载入R包...
今天小编继续给大家推荐一个在编写SCI论文中常见的一种统计图形-SNP连锁不平衡图(linkage disequilibrium (LD)),绘制工具为R语言中LDheatmap拓展包,该工具包用于产生一个热图图形显示SNPs的成对连锁不平衡(LD)测量值。热图是在正方形图的左上角对角线上的一个假彩色图像。可以添加一条与图像对角线平行的线,表示SNP...
3.1 调整颜色,更改标题,标示SNP名称 color.rgb <- colorRampPalette(rev(c("white","red")),space="rgb")## 绘制连锁不平衡图names <- c("rs1111183", "rs2237789", "rs2299531")LDheatmap(SNPdata, SNPpos,color=color.rgb(20),title = "DEU Pairwise LD",SNP.name=names,flip=TRUE) 3.2 使用...
复制 color.rgb<-colorRampPalette(rev(c("white","red")),space="rgb")## 绘制连锁不平衡图 names<-c("rs1111183","rs2237789","rs2299531")LDheatmap(SNPdata,SNPpos,color=color.rgb(20),title="DEU Pairwise LD",SNP.name=names,flip=TRUE) 3.2 使用grid调整SNP标记名称字体大小、颜色 代码语言...
连锁不平衡图,用来可视化不同SNP之间的连锁程度,前同事间俗称“倒三角”图。 本文使用自己的数据,因为安装R包后使用内置数据集运行出结果较容易,但是自己的数据就可能会有一些不大不小的“坑”,我替你们趟了。。。 一 载入R包 数据 数据为内置CEUData保存后,进行了“细微”的处理(去掉SNP碱基之间的“/”),这...
连锁不平衡图,用来可视化不同SNP之间的连锁程度,前同事间俗称“倒三角”图。 本文使用自己的数据,因为安装R包后使用内置数据集运行出结果较容易,但是自己的数据就可能会有一些不大不小的“坑”,我替你们趟了。。。 一 载入R包 数据 数据为内置CEUData保存后,进行了“细微”的处理(去掉SNP碱基之间的“/”),这...
这篇文章把如何绘制连锁不平衡图说的很详细,操作的时候也很丝滑,就是SNP名称不知道怎么显示。 其中比较容易踩坑的便是“LDheatmap”这个包的下载比较曲折 首先这个包在R中不能直接用install.package()下载,他需要有一个依赖的包“snpStats”,而这个包也不能直接在R下载,他需要“BioManager”这个包,BioManager这个...
连锁不平衡图,用来可视化不同SNP之间的连锁程度,前同事间俗称“倒三角”图。 本文使用自己的数据,因为安装R包后使用内置数据集运行出结果较容易,但是自己的数据就可能会有一些不大不小的“坑”,我替你们趟了。。。 一 载入R包 数据 数据为内置CEUData保存后,进行了“细微”的处理(去掉SNP碱基之间的“/”),这...
最终效果看起来还不错! 为了节省大家整理两个输入文件的时间,我写了一个python脚本,直接输入vcf文件和位置信息即可获得连锁不平衡图,用法如下: 代码语言:javascript 复制 ##该脚本在Linux下使用,使用前需安装python、R及R包"LDheatmap"、"genetics"和"grid"python./LDplot.py-vcf./snp.vcf-pos snp.pos.txt-ch...
理解SNPs之间的联系或连锁不平衡(LD)模式对于单体型的选择具有重要作用,然而,对于密集的SNP图谱,随着区域内SNPs数量的增加,很难直接从复杂的VCF文件来看出SNPs间的连锁不平衡关系。LDheatmap就是这样一个能够可视化SNPs之间连锁不平衡关系的R包。 先举个小例子: ...