转录组学:研究在单个细胞或特定类型细胞、组织、器官或发育阶段的细胞群内所产生的各类RNA分子的类型和数量 转录组研究方法:DNA芯片和RNA-seq(其中RNA-seq可以发现新的转录本和可变剪切异构体,DNA芯片只能检测已知转录本的表达,并且RNA-seq比芯片的解析精度更高)...
② 转录组测序与分析(图2)。mRNA reads质控后利用TopHat2在参考序列上拼接,采用FPKM方法计算基因表达水平,DEGseq筛选差异表达基因(DEG)。sRNA reads通过Bowtie比对至参考基因组,过滤rRNAs、tRNAs、snRNAs、snoRNAs,通过miRBase21进行鉴定,通过miREvo和mirdeep2预测新型miRNA。DESeq鉴定差异表达miRNA(DEM)。psRobot预测m...
有参常规转录组(RNA-Seq) 转录组是某个物种或者特定细胞类型产生的所有RNA,可从整体水平研究基因功能以及基因结构,揭示特定生物学过程以及疾病发生过程中的分子机理,广泛应用于基础研究、临床诊断和药物研发等领域。同时,还能发现未知转录本和稀有转录本,精确地识别可变剪切位点以及cSNP(编码序列单核苷酸多态性),提供最全...
5. Yang, Liuqing et al., lncRNA-dependent mechanisms of androgen-receptor-regulated gene activation programs. Nature, (2013)6. Yan, Liying et al. , Single-cell RNA-Seq profiling of human preimplantation embryos and embryonic stem cells. Nature structural & molecular biology, (2013)7. Liu, S...
利用空间转录组技术和scRNA-seq数据展示子宫腺肌病的整体情况。结果表明,子宫腺肌病病变中,上皮细胞被基质细胞包围,STEAP4+血管周围细胞在异位病变区域富集,表明血管生成微环境可能有助于子宫腺肌病的进展(图 2A)。上皮细胞分为纤毛细胞和无纤毛细胞亚群,它们在不同区域(EnC、EnJ、EnD)的分布是一致的,但它们的...
全转录组测序(Total RNA-Seq) 项目介绍 全转录组是指特定细胞在特定状态下所能转录出来的所有RNA的总和,包括mRNA和非编码RNA(non-coding RNA)。针对非编码RNA的研究主要集中在具有调控作用的miRNA,lncRNA和circRNA。 基于二代测序技术的全转录组测序研究,同时分析同一样本中的mRNA,lncRNA,circRNA和miRNA,并且通过关联...
对于其他无需对齐的识别工具,CPAT 的准确率高于 CPC、CNCI 和 PLEK,但低于 LncFinder。即使排除了二级结构衍生特征,LncFinder 在人类和小鼠数据集上也取得了最佳性能。加之LncFinder是一个R包可以在各个平台上进行使用,速度也相当的快,不失为一种新lncRNA-seq流程的鉴定工具。
黄樟全长转录组测序与不同化学型RNA-Seq分析系统是由江西省林业科学院著作的软件著作,该软件著作登记号为:2021SR1820316,属于分类,想要查询更多关于黄樟全长转录组测序与不同化学型RNA-Seq分析系统著作的著作权信息就到天眼查官网!
日本三角涡虫(Dugesia japonica)由于其强大的再生能力和较短的再生周期,为动物学再生机制的研究提供了良好的模型。本研究利用Illumina Hi Seq~(TM)2000测序技术对整体... 杨轶博 - 河南师范大学 被引量: 0发表: 0年 日本三角涡虫(Dugesia japonica)线粒体蛋白质组,转录组研究 2.日本三角涡虫线粒体转录组表达谱...
单细胞转录组测序技术(single cell RNA sequencing,scRNA-seq)通过将组织或体液样本中的细胞群分离成单个细胞,进行全转录组扩增和高通量测序及信息分析,是目前应用最广泛的单细胞测序方法,在异质性疾病的研究中具有重要优势。scRNA-seq允许在对目的基因或蛋白不了解的情况下对细胞进行测序,并根据细胞转录特征进行分组,...