近日,看到-生信作曲家-发的帖子,展示的内容是单细胞差异基因的图,是利用热图的形式展现的,在一个热图上可以展示不同cluster中不同组的基因表达阳性细胞比例,差别一目了然,可以同时展示很多的基因。 首先构建作图数据,我们用最“笨”的办法吧,分别找出不同细胞类型下,两组之间(GM, BM)的差异基因,这里设置阈值为0...
当转录组研究的样本分组超过2组时,由于差异表达基因的识别只能针对两组样本,因此,只通过差异表达基因无法分析整体上的基因表达变化规律,此时可以通过表达模式聚类将基因按照其在不同样本中的表达变化规律进行归类,进而推测其与特定功能的可能联系。 表达模式聚类热图 以各样本中基因的表达量绘制热图,在图中每列表示一个...
首先,对原始的转录组测序数据进行质控和过滤,去除低质量的reads和可能的污染。 然后,使用合适的对齐和拼接工具将测序数据比对到参考基因组上,得到每个基因的表达水平。 最后,对表达矩阵进行归一化处理,例如使用TPM(每百万转录本数)或FPKM(每千万转录本数)来调整样本之间的表达量差异。 2.差异分析: 对于三组数据两两...
虽然能比较直观地看到所有基因表达情况,但我们真正感兴趣的是处理后差异表达的基因。因此,我们也可以通过前面得到的表达矩阵获得差异表达的基因名,对raw count数据进行提取和均一化,然后做一个差异基因的热图,能更直观地看到差异基因在各个样本中的上调下调情况。 做热图我们用的最多的R包是pheatmap,可以直接用...
诺禾致源转录组云平台Novomagic2.0于2021年7月15日上线,我们升级了分析点、增加了交互模式以及云课堂等内容,只要您在诺禾致源做了转录组测序项目,结题并释放数据后将自动为您开通。此次我们将分三节课程为大家介绍Novomagic2.0的操作演示。第一节是如何用Novomagic2.0重
可以的，参考基因组与你分析基因家族所用的基因组是相同的就可以用；
如果有对应列表可以对起来；如果没有建议你下载原始fastq文件做一下你的参考基因组的转录组分析：
虽然能比较直观地看到所有基因表达情况,但我们真正感兴趣的是处理后差异表达的基因。因此,我们也可以通过前面得到的表达矩阵获得差异表达的基因名,对raw count数据进行提取和均一化,然后做一个差异基因的热图,能更直观地看到差异基因在各个样本中的上调下调情况。 做热图我们用的最多的R包是pheatmap,可以直接用...
近日,看到-生信作曲家-发的帖子,展示的内容是单细胞差异基因的图,是利用热图的形式展现的,在一个热图上可以展示不同cluster中不同组的基因表达阳性细胞比例,差别一目了然,可以同时展示很多的基因。 首先构建作图数据,我们用最“笨”的办法吧,分别找出不同细胞类型下,两组之间(GM, BM)的差异基因,这里设置阈值为...
近日,看到-生信作曲家-发的帖子,展示的内容是单细胞差异基因的图,是利用热图的形式展现的,在一个热图上可以展示不同cluster中不同组的基因表达阳性细胞比例,差别一目了然,可以同时展示很多的基因。 首先构建作图数据,我们用最“笨”的办法吧,分别找出不同细胞类型下,两组之间(GM, BM)的差异基因,这里设置阈值为...