通过O2PLS分析可以寻找出两个组学比较相关联的差异基因和差异代谢物，为之后的研究提供新的思路。1. O2PLS转录组载荷图 图2O2PLS转录组载荷图 注：图形中横坐标表示第一关联分量，纵坐标表示第二关联分量。最外圈的表示关联性越强。对此颜色标注了两个分量绝对值之和的前50个基因。2.O2PLS代谢组载荷图 图3 O2...
与全基因组关联研究相比,TWAS研究策略具有以下优点: 与SNP相比,基于基因的分析具有更低的多重比较压力。 分析结果以特定基因而非SNP的形式呈现,基因的生物学意义更为直接,便于后续的功能研究和结果转化。 GTEx数据库提供了极为丰富的基因组和转录组数据。研究人员可以使用各种人体组织和细胞数据作为参考面板来构建模型。
整体层面分析转录组与代谢组数据的相关性:PCA分析、O2PLS分析、WGCNA 差异层面获得共表达的差异基因和差异代谢物: 1、差异基因和差异代谢物KEGG通路分析:KEGG通路比较分析(韦恩图,富集)、KEGG通路可视化、Ipath 整合分析 2、转录组和代谢组相关性分析:九象限图、相关性热图和玄图、相关性网络热图、相关性网络图、典...
其中转录组为无参转录组,在对差异代谢物进行相关性分析时发现大多数代谢物之间呈正相关,只有丝氨酸与其他代谢物呈负相关,在对差异代谢物和差异基因进行相关性分析时也同样发现丝氨酸与差异基因呈负相关。