2、从基因与蛋白质之间的调控关系是分子调控网络中重要的组成部分,也是转录组和蛋白组关联分析最为重要的基础之一。因此可以作为关联切入点,来挖掘具有重要调控作用的蛋白质和基因。 3、利用WGCNA分析,找出直接与表型性状具有高度相关的基因和蛋白,可以筛选掉大量的无关基因、蛋白,迅速找到重要的调控机制和关键物质。 想...
通过聚类分析和相关性分析,作者发现EME处理组与对照组在蛋白质表达上存在显著差异,这表明EME对蛋白质表达具有显著的促进作用。火山图和韦恩图的分析进一步揭示了EME能够特异性地诱导某些蛋白质的翻译,从而证实了EME对蛋白质表达的重要影响。 图3. 蛋白质组的基本特征:(A) 样本聚集图; (B) 样本间蛋白质表达的相关...
转录组和蛋白质组是紧密联系的上下游组学,并且它们都是系统研究生物学规律和机理机制过程中基因表达调控的重要工具,其中蛋白质是生物体功能的直接执行者,而转录组是连接基因组和蛋白质组的中间模块。将转录组数据与蛋白质组数据进行联合分析,不仅可以分析两组学之间的关联或者相互调控作用。还可以从RNA和蛋白质水平对基...
转录组和蛋白质组转录组和蛋白质组 转录组和蛋白质组都是生物学中的重要研究领域,转录组主要研究的是细胞中转录出来的 RNA 分子,包括 mRNA、rRNA 和 tRNA 等,它反映了基因的表达情况。而蛋白质组则是研究细胞或生物体中所有蛋白质的组成、表达和功能。
其中,转录组学和蛋白组学具有上下游的关系,联合分析可充分利用转录组和蛋白质组研究的差异性和互补性,通过表征生物体mRNA与蛋白的表达水平绘制在不同层次上的的表达水平全景图,从而更系统地解析生物学和医学研究中的调控机制。接下来,小派将从转录组学和蛋白组学联合分析的优势、研究思路及文章案例分享三个角度,带...
转录组学研究基因在特定条件下的转录活性,而蛋白质组学则关注细胞或生物体内所有蛋白质的表达与功能。这两个研究领域在揭示生物体的基因调控、信号传导、代谢途径等方面发挥着重要作用。 2. 转录组学 2.1 背景 转录组学是研究细胞或生物体内所有基因在特定条件下的转录水平的科学。通过对RNA-seq技术的应用,可以获取...
比对二次刺激后MRL/lpr小鼠BMDM中显著上调的基因和蛋白质(所有三个比较中上调的DEG和DEP),发现5个分子(Calhm6,Isg15,Gbp2,Iigp1,Ifi47)在转录组和蛋白质组中一致上调,而1个分子(Samhd1)在蛋白质组中下调,在转录组中上调。 表1 显示转录组和蛋白质组相关性的基因/蛋白质信息 ...
组学技术:表观组、转录组、蛋白组、代谢组 研究背景 该研究分析了822例死后脑组织和1041例血液样本的DNA 甲基化、RNA seq、蛋白质组、代谢组和神经病理学数据,应用了一种新颖的交叉验证机器学习算法解析了迟发性 AD 中神经退行性进展和异质性背后的多模式分子重构。
细胞的表型和功能状态是由多个组学层复杂的相互作用的分子层次调节的,包括基因组、表观基因组、转录组、蛋白质组和代谢组。 在多细胞生物中,细胞区室的组织、结构和细胞间的相互作用对细胞的功能状态至关重要。 细胞转录程序是通过多种表观遗传模式的作用决定的,包括转录因子(tf)和协同或拮抗组蛋白标记的共同出现。
图3 | 小鼠肝脏的转录组和蛋白质组以及差异表达基因（DEGs）和差异表达蛋白（DEPs）的功能富集分析。4. DEG 和 DEP 的功能注释和扩充分析 通过GO富集分析发现，对照组db / db小鼠与正常组wt / wt小鼠之间的葡萄糖脂和能量代谢途径存在显著差异。双饼环图显示，AC和AL显著改变了代谢途径中的基因和蛋白质表达。...