ATAC所捕获的染色质开放区一般是正在转录的那部分DNA序列的上下游，得到这些序列我们就可以对富集到的序列结合motif分析，识别哪种转录因子参与了基因表达调控，通过ATAC-seq寻找出来的转录因子一般是全基因组内发挥关键作用的调控因子。除此之外，ATAC-seq在核小体定位、识别启动子区域、潜在的增强子或沉默子、绘制染色...
一、定义与特性 转录因子,也称反式作用因子,是能与位于转录起始位点上游50~5000 bp的顺式作用元件(如增强子或沉默子)结合并参与调节靶基因转录效率的一组蛋白。 转录因子具有序列特异性,能够识别并结合特定的DNA序列,从而控制染色质和转录,以形成指导基因组表达的复杂系统。 二、分类 根据转录因子的作用特点,可以将...
ATAC所捕获的染色质开放区一般是正在转录的那部分DNA序列的上下游,得到这些序列我们就可以对富集到的序列结合motif分析,识别哪种转录因子参与了基因表达调控,通过ATAC-seq寻找出来的转录因子一般是全基因组内发挥关键作用的调控因子。除此之外,ATAC-seq在核小体定位、识别启动子区域、潜在的增强子或沉默子、绘制染色质开...
转录因子是一类能够调控基因表达的蛋白质。它们通过结合基因组DNA上的调控元件,即启动子、增强子或沉默子,来促进或抑制RNA聚合酶的结合,进而调节基因的转录。转录因子既可以催化基因表达,也可以促进RNA的降解,从而发挥它们对基因表达的调节功能。在生物体内,转录因子的功能和调控机制因种类而异,下面我将从不同角度分别进...
转录因子(transcription factor,TF),也称反式作用因子,是能与位于转录起始位点上游50～5000 bp的顺式作用元件、增强子或沉默子结合并参与调节靶基因转录效率的一组蛋白。 TF可以直接或间接结合RNA聚合酶,通过识别DNA序列中的顺式作用元件而调节启动转录。转录是基因表达的第一阶段,也是基因调节的主...
根据其作用机制和位置,顺式作用元件可以分为启动子、增强子和沉默子。 (1)启动子 启动子位于基因的起始点附近,是转录开始的地方。它们包含有转录因子结合位点和转录起始位点,是转录因子与RNA聚合酶结合的重要区域。 (2)增强子 增强子是位于启动子上游的DNA序列,与调控基因转录过程中的增强作用有关。增强子的特点是可...
最新版TRRD数据库主要由 8个子数据库所构成,分别是TRRDGENES(TRRD库基因的基本信息和调控单元信息)、TRRDLCR(调控区定位信息)、TRRDUNITS(调控区的启动子、增强子、沉默子等 具体信息)、TRRDSTARTS(转录起始位点相关信息)、TRRDSITES(转录调控位点信息)、TRRDFACTORS (转录因子信息)、TRRDEXP(基因表达模式的信息)和...
除此之外,ATAC-seq在核小体定位、识别启动子区域、潜在的增强子或沉默子、绘制染色质开放图谱、寻找转录因子调控的靶基因等方面都具有广泛的应用。有关ATAC-seq的详细介绍,大家感兴趣的话可以查阅小远的往期文章“解析表观遗传学的工具——ATAC-seq(一)”。
除此之外,ATAC-seq在核小体定位、识别启动子区域、潜在的增强子或沉默子、绘制染色质开放图谱、寻找转录因子调控的靶基因等方面都具有广泛的应用。有关ATAC-seq的详细介绍,大家感兴趣的话可以查阅小远的往期文章“解析表观遗传学的工具——ATAC-seq(一)”。
此过程中,GATA2招募PIAS1作为共抑制因子,而AR尽管参与了基因转录调控,但对于IRF3的顺反组重塑并没有显著影响。值得注意的是,该研究还鉴定了IFNB1基因的一个新的沉默子元件,其通过与启动子互作,介导了GATA2和 PIAS1对IFNB1基因的转录抑...