进入Harmonizonme主页,点击SEARCH进入检索界面,下拉菜单选择Database,检索框输入transcription factors targets,得到6个转录因子靶基因数据库,同前法查询NFIA靶基因,结果只有TRANSFAC Predicted Transcription Factor Targets中查询到NFIA的靶基因1404个,其余5个数据库未...
最新转录因子数据库：TFcancer，方便查询已验证的TF-target关系 公众号：生信小课堂 小编今天发现一个最新的转录因子数据库，来源于昨天刚刚见刊的文章。给大家分享一下 TFcancer: a manually curated database of transcription factors associated with human cancer 网址：http://lcbb.swjtu.edu.cn/tfcancer/index....
点击Binding Sites栏下蓝色字体可进入DNA binding Sites详情页面,DNA binding sites表示该转录因子实际的结合区域,提供物种、数据库、参考文献、碱基序列和转录因子等详细信息。 2. Search by Sequence 在footprintDB主页,点击侧边栏Search菜单下Sequence进入检索页面,该模块数据库检索结果以邮件的形式发送,可以先命名检索结...
经过同学提醒,在 Genecards 上可以查询到一个基因是否为转录因子,就着这个线索,我在 Genecards 基因页面中发现其利用了 HPA (human protein atlas) 的数据。顺藤摸瓜找到了 Protein class 这个字段,其中的元素用逗号隔开的,如果元素中含有 Transcription factors 这个字眼就说明它是转录因子了。按照帮助中心 Programti...
查询某一基因的启动子区有无某转录因子的结合位点可尝试用缺失分析,应先用Matinspector 预测有无转录因子结合位点的存在,然后将启动子区域克隆,构建一系列区域突变克隆,与基因编码转录因子的基因共表达,检测报告基因的表达,来判断转录因子的结合位点。 转录因子,真核生物转录起始十分复杂,往往需要多种蛋白因子的协助,转...
爱分享的Leo博士: 转录因子和靶基因的结合位点在咱们的案例二中,出图是这个样子的。 这种图不需要花一分钱就可以做出来,咱们就演练一下。咱们拿ITGB6与转录因子ETS1基因为例哈。 第一步,查询ITGB6启动子序列 NCBI的Gene子数据库输入ITGB6,点击search 注意种属,我们需要人源的human 在genomic… ...
怎么查找基因的相关转录因子?有数据库吗？发自小木虫IOS客户端
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