进入Harmonizonme主页,点击SEARCH进入检索界面,下拉菜单选择Database,检索框输入transcription factors targets,得到6个转录因子靶基因数据库,同前法查询NFIA靶基因,结果只有TRANSFAC Predicted Transcription Factor Targets中查询到NFIA的靶基因1404个,其余5个数据库未...
最新转录因子数据库：TFcancer，方便查询已验证的TF-target关系 公众号：生信小课堂 小编今天发现一个最新的转录因子数据库，来源于昨天刚刚见刊的文章。给大家分享一下 TFcancer: a manually curated database of transcription factors associated with human cancer 网址：http://lcbb.swjtu.edu.cn/tfcancer/index....
进入Harmonizonme主页,点击SEARCH进入检索界面,下拉菜单选择Database,检索框输入tranion factors targets,得到6个转录因子靶基因数据库,同前法查询NFIA靶基因,结果只有TRANSFAC Predicted Tranion Factor Targets中查询到NFIA的靶基因1404个,其余5个数据库未收录其靶基因信息,同前法获得NFIA的靶基因列表。 将GEO获得的差异...
该数据库整合了circBase和ENCODE两个数据库信息,以及其中ChIP-seq、RNA-seq,还有450K甲基化芯片的数据集,可以研究和分析多种细胞的circRNAs转录调控信息。 在这里,如果circRNA的调控区域内至少对应转录因子的一个结合峰,那么就认为其能被这个转录因子调控。这里的circRNA的调控区域包含了转录起始位点的上游2000bp,以及下...
【Gist】通过 Ensembl ID 查询基因是否为转录因子 研究需要,得找出差异表达基因列表中的转录因子。列表长度上百,适合批量查询。经过同学提醒,在 Genecards 上可以查询到一个基因是否为转录因子,就着这个线索,我在 Genecards 基因页面中发现其利用了 HPA (human protein atlas) 的数据。顺藤摸瓜找到了 Protein class...
点击Binding Motifs栏下蓝色字体可进入DNA binding motifs详情页面,DNA binding motifs表示该转录因子结合区域的保守模式,提供一致性序列、序列标示图和位置频率矩阵等详细信息。 点击Binding Sites栏下蓝色字体可进入DNA binding Sites详情页面,DNA binding sites表示该转录因子实际的结合区域,提供物种、数据库、参考文献、碱...
咱们拿ITGB6与转录因子ETS1基因为例哈。 第一步,查询ITGB6启动子序列 NCBI的Gene子数据库输入ITGB6,点击search 注意种属,我们需要人源的human 在genomic…阅读全文 赞同95 27 条评论 分享收藏 如何查找基因的启动子及预测转录因子? myhalic 生物科研 课题设计 实验检测 myhalic: 最近长链...
【解析】查询某一基因的启动子区有无某转录因子的结合位点可尝试用缺失分析,应先用Matinspector 预测有无转录因子结合位点的存在,然后将启动子区域克隆,构建一系列区域突变克隆,与基因编码转录因子的基因共表达,检测报告基因的表达,来判断转录因子的结合位点。转录因子,真核生物转录起始十分复杂,往往需要多种蛋白因子的...
通过检索GGACTTTT、GGACTTTG和GGACTTTC序列，你可以得到预测到的转录因子信息。footprintDB是一个非常有价值的工具，可以帮助研究者进行转录因子和靶基因的查询。在使用时，别忘了引用以下参考文献：脚注：1. 弘毅. (2023). 转录因子综合数据库footprintDB的使用. 解螺旋·临床医生科研成长平台. 发表于“...