1、rank形式的转录因子展示,有些文章中是这样,特异性TF展示更直观。 2、利用我们之前说过的网络图展示TF与靶基因! 3、差异TF的分析,这也许是今天这个帖子的重点内容吧,可以像转录组那样,或者GSVA,寻找不同组织间差异性TF,结果更有说服力! 效果如下: image.png image.png 更多精彩内容请至我的公众号---KS科研...
除了之前的可视化,今天我们要讲的内容有: 1、rank形式的转录因子展示,有些文章中是这样,特异性TF展示更直观。 2、利用我们之前说过的网络图展示TF与靶基因! 3、差异TF的分析,这也许是今天这个帖子的重点内容吧,可以像转录组那样,或者GSVA,寻找不同组织间差异性TF,结果更有说服力! 效果如下: image.png image.pn...
如上图,分析流程我选择TCGA,其它保持默认即可,当然也可以根据自己的需要筛选疾病类型。此外,如果一个条件中只有一个选项,那么勾不勾选都代表选择。接着筛选Files Files.png 如上图,一般选择转录组分析,Data Type选择所有的基因表达,其它选项保持默认。如下图,筛选完成后页面网上拉,点击红框Add All Files to Cart即...
对差异表达基因执行转录因子富集分析 我们获得的差异基因【学习:一文就会TCGA数据库基因表达差异分析,GEO数据库表达数据的提取以及limma包进行差异分析,TCGA数据库:GDCRNATools包下载数据、处理数据以及差异分析】,下游除了富集分析【学习:clusterProfiler包进行KEGG,GO,GSEA富集分析;FunRich数据库:一个主要用于基因和蛋白质的...
转录因子X-盒结合蛋白1(XBP1S)基因芯片差异表达目的 应用基因表达谱芯片技术了解XBP1S在肝细胞中可能上调或下调的基因,了解其可能的调节功能线索.方法 构建pcDNA3.1(-)-XBP1S真核表达载体,转染HepG2细胞,同时以空载体pcDNA3.1(-)处理相同细胞系作为对照.48 h后制备细胞裂解液,提取mRNA,应用基因表达谱芯片技术对差...
HOMER (Hypergeometric Optimization of Motif EnRichment)基于Perl和C++编写,主要用于Motif查找及ChIP-Seq分析。HOMER使用ZOOPS评分(0或1发生在每条序列上)与超几何富集计算来确定motif富集,也包含发现de novo motif的算法。 HOMER motif分析主要包括: 启动子motif分析:需下载启动子数据包 ...
hello everyone,i have finished differential expression analysis of my RNA-seq data and retrieve the...
将转录组测序得到的差异表达基因与植物转录因子数据库进行比对分析,是转录组学研究中的一项重要内容。通过比对,可以了解差异表达基因在植物转录因子数据库中的注释信息,进一步探究这些基因的功能和调控机制。这种比对分析有助于深入理解植物基因表达调控的网络,为后续的基因功能研究和分子育种提供有力支持。
值得注意是,作者不仅仅是做了差异分析和生物学功能数据库注释(gsea方法,癌症的50个hallmark基因集 ),而且还搭配了转录因子调控分析。 常规的差异分析 只需要读取作者在geo界面给出来了的表达量矩阵文件即可: data<-data.table::fread("GSE198124_all.counts.csv.gz", data.table = F)# data$V1=str_split(dat...
TCGA基因差异表达分析 转录因子调控网络 速科生信自学网光俊 转录因子 转录因子transcriptionfactor是一群能与基因5端上游特定序列专 一性结合,从而保证目的基因以特定的强度在特定的时间与空间表达 的蛋白质分子。 转录因子