结果红花中WRKY基因家族成员的鉴定和理化性质分析 利用拟南芥WRKY基因家族的蛋白序列和WRKY结构域隐马尔可夫模型(HMM)文件(PF03106),通过BLAST比对,初步从红花基因组中鉴定出83个CtWRKY基因家族成员,然后排除了不完整的序列和没有相应结构域的候选序列。共从红花基因组中鉴定出82个CtWRKY基因家族成员,根据它们在红花12条...
一、 PlantTFDB数据库下载家族成员该数据从165种植物中鉴定了320,370个转录因子,并将其分为58个家族,包含了绿色植物的主要谱系。主要用于转录因子家族的分析,尤其是水稻和拟南芥的转录因子家族成员,可以直接作为已知的,用于未知物种的该家族成员的鉴定。该网站为了给TF家族提供全面的信息,对每个家族都做了简要的介绍和...
本研究在茯苓基因组中系统鉴定了茯苓MYB(PcMYB)转录因子基因家族,并对其蛋白理化性质、进化关系、保守基序、启动子中的顺式作用元件等进行预测分析;基于茯苓菌丝和菌核的转录组数据,分析PcMYB在不同发育阶段中的表达谱;同时检测了在外源激发子茉莉酸甲酯(methy...
水稻基因组中含有31个OsOFP转录因子基因家族成员,到目前为止,对水稻OsOFP家族基因功能的研究报道非常少。 在本研究中,通过生物信息学方法对OsOFP家族的基因结构、蛋白质保守结构域和系统发生进行了分析;利用实时荧光定量PCR技术研究了OsOFP基因的表达模式;利用拟南芥原生质体瞬时转化对OsOFP蛋白进行了亚细胞定位分析。以...
大多数植物不超过5 个S1Fa-like 家族成员;然而花生基因组中含有126 个S1Fa-like 转录因子,且被鉴定为膜结合型转录因子。越来越多的研究发现,S1Fa-lik TFs 响应植物的非生物胁迫,如甘蓝型油菜(Brassica napus)中S1Fa-like响应盐胁迫刺激;棉花(Gossypium hirsutum)中S1FalikeTFs 大多数成员受非生物胁迫刺激表达量...
内容提示: 拟南芥 SBP 转录因子基因家族分析 北京大学 罗静初 1拟南芥 SBP 转录因子基因家族分析 本章提要 本章以植物特异转录因子 SBP 基因家族为实例 讲述如何利用生物信息数据库资源和软件工具 对该家族进行系统分析。本章所用数据主要来自北京大学生物信息中心构建的植物转录因子数据库 研究对象主要为拟南芥基因组中...
拟南芥SBP转录因子基因家族分析
WANG Xun,CHEN XiXia,LI HongLiang,ZHANG FuJun,ZHAO XianYan,HAN YuePeng,WANG XiaoFei(),HAO YuJin() 图5. 苹果NLP基因的染色体定位(a)与基因结构分析(b)Fig. 5. Chromosome localization (a) and gene structure analysis (b) of NLP gene in apple...
录起始频率的DNA结合蛋白。转录因子基因常以家族形式存在,同 一家族中的不同成员之间的氨基酸序列在某些区域是高度保守的。 APETALA2/EthyleneResponsefactor(AP2/ERF)类转录 因子是植物特有的转录因子之一,Jofuku等人于1994年首次报道了 同源异型基因APETALA2(AP2)编码含有AP2保守结构域的蛋白 ...
本研究以漆树为研究对象,对漆树WRKY转录因子家族进行系统的生物信息学分析,包括漆树WRKY转录因子筛选、WRKY家族保守结构域分析、多序列比对,保守基序分析,系统进化树构建以及WRKY在漆树不同部位的表达模式分析,对漆树WRKY基因家族做一个初步筛选以及功能预测,为...