跨膜结构域预测一半是为了分析蛋白质的定位。如果有，就可能是膜蛋白，这对分析其功能、制定纯化方案以及表达方式都很有帮助。如果确定是膜蛋白，功能就可能是受体、通道之类的，纯化就按疏水蛋白来设计，表达就要考虑真核表达系统。