负责审定核电站地震安全性评价报告的部门是国务院地震工作主管部门。核电站作为重大建设工程,其地震安全性评价报告的审定工作至关重要。根据《中华人民共和国防震减灾法》和《地震安全性评价管理条例》的相关规定,国务院地震工作主管部门负责审定国家重大建设工程的地震安全性评价报告,而核电站显然属于此类工程。