鸡多组织基因组调控元件的全面解析将对其基础应用研究产生重大影响,该研究整合来自23个组织的377个基因组测序数据,系统地鉴定注释了鸡基因组中约157万个调控元件,代表了15种不同的染色质状态,构建了120万增强子—基因互作对,发掘到7662个超级增强子。鸡基因组调控元件图谱构建在识别驯化、选择和复杂性状调控位点方面发挥...
鸡多组织基因组调控元件的全面解析将对其基础应用研究产生重大影响,该研究整合来自23个组织的377个基因组测序数据,系统地鉴定注释了鸡基因组中约157万个调控元件,代表了15种不同的染色质状态,构建了120万增强子—基因互作对,发掘到7662个超级增强子。鸡基因组调控元件图谱构建在识别驯化、选择和复杂性状调控位点方面发挥...
因此,对小脑中细胞的顺式调控元件在发育和进化中的动态变化图谱的揭示对于理解小脑中复杂功能的具体分子机制将提供重要的工具平台。为此,德国海德堡大学Henrik Kaessmann研究组、海德堡癌症研究中Stefan M. Pfister研究组以及Ioannis Sarropoulos(共同第一作者)、Mari Sepp(共同第一作者)合作在Science发文题为Development...
在人类基因组中,通过分析染色体的生物化学修饰,我们已经鉴定和发现了几百万的顺式调控元件(cis-regulatoryelements)。这些顺式调控元件为包括启动子(promoter),增强子(enhancer),绝缘子(insulator)以及抑制子(repressor)。绝大部分的顺势调控元件位于基因...
近日,美国加州大学旧金山分校科研人员在Science上发表了题为“Massively parallel characterization of regulatory elements in the developing human cortex”的文章,利用大脑类器官和大规模并行报告分析法,绘制了人类大脑神经元发育中功能性基因调控元件和变异的“基因图谱”。
ABC模型系统整合了代表调控元件活性状态的ATAC-seq和H3K27ac ChIP-seq信号峰,以及代表染色质接触频率的Hi-C数据,有效地在全基因组范围内鉴定活性增强子元件及其调控的靶基因,进而构建增强子-靶基因精准映射图谱,并且有助于解释调控型遗传变异的生物学功能。研究者基于此模型,通过智能整合ATAC-seq、ChIP-seq、Hi-C和...
这项研究中,作者基于DNase-seq构建了高粱,小米及二穗短柄草三个禾本科物种根、茎、叶的高分辨率DHS图谱。通过不同组织及不同物种间的比较,证实了顺式调控元件具有高度的物种及组织特异性;结合Hi-C分析,指出组织特异表达基因的调控元件呈现显著的远距离分布(>10kb)及多调控元件参与特征(图1),从而暗示发掘和揭示组织...
日前,复旦大学类脑智能科学与技术研究院杨禹丞等DNA元件百科全书计划国际合作团队,首次绘制迄今全球最大规模个人表观基因组图谱。2023年3月30日,相关研究成果在《细胞》(Cell)杂志上发表,题为“The EN-TEx resource of multi-tissue personal epigenomes & variant-impact models”,复旦大学类脑智能科学与技术研究院...
ABC模型系统整合了代表调控元件活性状态的ATAC-seq和H3K27ac ChIP-seq信号峰,以及代表染色质接触频率的Hi-C数据,有效地在全基因组范围内鉴定活性增强子元件及其调控的靶基因,进而构建增强子-靶基因精准映射图谱,并且有助于解释调控型遗传变异的生物学功能。研究者基于此模型,通过智能整合ATAC-seq、ChIP-seq、Hi-C和...