质量控制对基因组组装至关重要;然而,对于评估组装质量应采用哪些指标尚未达成共识。N50被广泛用于连续性测量,但其有效性一直备受质疑。目前用于完整性评估的常用指标侧重于基因空间,然而常常忽视串联重复等具有挑战性的区域。在质量控制中,正确性已成为不可或缺的维度,而现有的组装版本缺乏反映这一方面的评分。我们提出了...
记者19日从中国科学院植物研究所获悉，该所焦远年研究团队最新研究开发出一种不依赖参考基因组的组装质量评估新工具CRAQ(Clipping information for Revealing Assembly Quality)，可以在单碱基水平检测和评估基因组序列的精准度，并提供相关纠错方案。这一基因组研究领域的重要成果论文，近日在国际学术期刊《自然-通讯》上线...
Busco评估即基于busco数据库中物种的单拷贝基因,评估基因组的组装质量 1.busco下载安装 1.1 数据库 v5:Index of /v5/data/lineages/ 可以值下载自己需要的一个,例如micrococcales_odb10.2024-01-08.tar.gz wget https://busco-data.ezlab.org/v5/data/lineages/bacteria_odb10.2024-01-08.tar.gz #for id in...
科技日报记者 陆成宽 记者19日从中国科学院植物研究所获悉,该所研究人员开发了一种不依赖参考基因组的组装质量评估新工具CRAQ。该工具可以在单碱基水平检测和评估基因组序列的精准度,并提供相关纠错方案。相关研究成果在线发表于《自然·通讯》杂志。 近年来,随着测序技术和算法不断发展,大量物种基因组被陆续测序和组装。
近年来,随着测序技术和算法的开发,大量动植物基因组被陆续测序和组装,但基因组组装质量参差不齐,存在不同程度的组装错误,影响后续的相关研究。高质量的参考基因组对于基因的精准注释和功能研究以及比较基因组学和调控元件的挖掘等至关重要。目前已有一些基因组组...
不同类别的CREs和CSEs错误数量经过统计和标准化处理后被转化为两个基因组组装质量评估指标:R-AQI和S-AQI,以反映基因组组装质量。此外,CRAQ能够识别基因组中存在的嵌合片段,并将这些片段准确拆分,以利于进一步结合光学图谱或构象捕获(Hi-C)技术构建结构更加准确的参考基因组。
评估组装配电箱质量的第一步是了解产品的标准化程度。高质量的配电箱应该采用标准化设计和生产流程,确保产品每一部件的尺寸、配件、材料、工艺等方面都符合相应规范。如果不规范,容易导致拼装出现问题,影响使用安全。 二、材料选型和质检 材料是影响配电箱质量的重要因素之一。...
BUSCO是一款使用python语言编写的对转录组和基因组组装质量进行评估的软件。在相近的物种之间总有一些保守的序列,而BUSCO就是使用这些保守序列与组装的结果进行比对,鉴定组装的结果是否包含这些序列,包含单条、多条还是部分或者不包含等等情况来给出结果。 BUSCO 软件根据OrthoDB 数据库,构建了几个大的进化分支的单拷贝基...
BUSCO是Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs(通用单拷贝同源基因基准)的缩写,基于基因进化(有参比对)评估基因组组装和注释完整性的开源python软件。其对接结果的评估与 quast 不同,它并不追求基因组拼接的长度,而关注的是是否将一些单拷贝直系同源基因拼接出来。在相近的物种之间总有一些保守的序列,而 BUSCO ...
N50是一种评估组装质量的常用指标,较高的N50值通常表示更高质量的组装。 L50: 这是指达到N50阈值所需的最少序列数量。换句话说,它是组成总序列长度一半的最长序列的数量。 N75和L75: 这些指标与N50和L50相似,但它们是基于覆盖至少75%总序列长度的阈值来计算的。 N90和L90: 这些是基于覆盖至少90%总序列长度的...