一、sgRNA的设计原则 1、特异性：确保sgRNA是特异性的，以免在基因组中发生非特异性的编辑。避免选择与其他基因序列相似的区域，特别是避免在基因组中存在多个拷贝的区域。2、GC含量均衡：sgRNA的GC含量应该在40-60%之间，以确保在实验条件下有适当的稳定性和杂交性。3、避免多个剪切位点：选择只有一个目标剪切位点...
sgRNA设计示范 1、NCBI获取基因信息,选择编辑区域 2、设计、选择sgRNA FrCas9介绍 选择舒桐科技的优势 关于舒桐 CRISPR/Cas9是细菌和古生菌的一种抵御外来核酸物质入侵的防御系统,现被开发用来作为一种对特定靶序列进行基因编辑的技术。CRISPR/Cas9系统包含2个组件,一个是Cas蛋白,一个是sgRNA。sgRNA由crRNA和tracrRNA...
CRISPR筛选设计 药物压力筛选法。通过高通量测序，比较对照组与实验组之间sgRNA种类的差异及丰度变化，确定基因敲除对细胞耐受药物或敏感性的影响。细胞分选法。利用FACS筛选出所需的细胞类群，并比较不同类群细胞之间sgRNA丰度，以达到功能性sgRNA的筛选目的。单细胞CRISPR筛选法。将CRISPR筛选与单细胞转录组测序(scRNA-...
1.首先登录https://www.benchling.com/crispr网站，邮箱姓名注册账号。2.点击左侧第二栏创建一个sgRNA文件。3.点击左侧第四栏“+”，选择DNA sequence，点击import DNA sequence，点击or choose file，导入DNA序列snapgene文件。4.通常选择靠近ATG的第一外显子设计sgRNA靶点，点击右侧“+”点击DESIGN ANDANALIZE GUIDE...
使用SnapGene软件对基因序列信息进行分析,如下图所示,WNT10B基因一共包含4个外显子,其中粉色区域为信号肽所在序列,该序列在蛋白质翻译加工过程中会被切除,sgRNA设计时应避免此段序列,最左边的的外显子序列也不参与蛋白质的翻译,也应该避免采用此段序列,所以最佳的sgRNA靶向...
Cas-Offinder：这是一个用于sgRNA脱靶预测的工具，由韩国首尔国立大学Kim团队研发。网址是http://www.rgenome.net/cas-offinder/。可以在全基因组范围内预测潜在的脱靶位点，并提供详细的脱靶信息，帮助用户选择更安全的sgRNA序列。TKOv3：用户可以通过输入基因名称来设计sgRNA。提供了丰富的设计选项和详细的设计报告，...
CRISPR系统包含两个组件,一个是sgRNA,另一个就是Cas 9蛋白。sgRNA是一个短的合成RNA,只有20bp大小,可以与Cas9蛋白结合,所以在设计sgRNA之前,应在基因组上寻找PAM序列(PAM:Protospacer Adjacent Motif),PAM序列是有固定形式的,来自于不同菌种属的Cas,它的PAM序列形式是不一样的。目前主流是SpCas 9(Cas 9蛋白来源...
设计sgRNA时需要考虑以下几个因素: 靶向序列:选择目标基因上的特定区域作为靶向序列。通常选择基因的外显子区域,以避免对非编码区的影响。 PAM序列:PAM(Protospacer Adjacent Motif)序列是Cas蛋白识别的特定序列,位于靶向序列的下游。不同的Cas蛋白具有不同的PAM序列要求。 特异性:设计的sgRNA应具有高度的特异性,以...
根据图中信息即可分析sgRNA的剪切效率,潜在脱靶位点信息等(图 7)。 除上文提到的脱靶效应分析网站外,之前提到的E-CRISP和CHOPCHOP这两个sgRNA设计网站也包含脱靶分析功能。 sgRNA在CRISPR-Cas9基因编辑系统中具有准确识别靶基因序列的作用,其效果可影响编辑的效率、是否发生脱靶等,甚至对最终基因编辑的效果产生决定性作...