根据这个矩阵可以绘制TSS两侧reads分布图, 也可以计算TSS Enrichment score。 deeptools就是采用了上述策略,用法如下 通过deeotools可以直接出图,tss.matrix.txt文件保存了matrix的纯文本信息,可以读取这个文件计算TSS Enrichment score。除比这种方法外,Encode的pipeline还提供了一个脚本,专门用于计算TSS Enrichment score. ...
Enrichmentsoce,称之为TSS富集分数,就是计算所有TSS位点测序深度的平均值,这个数值的大小与所用的参考基因组有关系,不同参考基因组对应的阈值标准如下高质量的文库是确保分析结果准确的前提和保障...欢迎关注”生信修炼手册”!ENCODE称之为基因组百科全书,该数据库包含了基因组学,转录组学,表观遗传学等许多组学的数...
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通过deeotools可以直接出图,tss.matrix.txt文件保存了matrix的纯文本信息,可以读取这个文件计算TSS Enrichment score。除比这种方法外,Encode的pipeline还提供了一个脚本,专门用于计算TSS Enrichment score. 链接如下 https://github.com/ENCODE-DCC/atac-seq-pipeline/blob/master/src/encode_task_tss_enrich.py ...
自己动手计算TSSEnrichment score 欢迎关注”生信修炼手册”!Encode将TSSEnrichment score作为ATAC文库质控的一个指 数据分析 归一化 公众号 原创 庐州月光 2022-06-22 04:55:33 462阅读 ess残差平方和rss残差平方和怎么算 决定系数TSS(样本平方和)RSS(残差平方和) 又称为误差平方和衡量模型拟合效果R^2 在RSS(误差...
自己动手计算TSS Enrichment score 欢迎关注”生信修炼手册”!Encode将TSS Enrichment score作为ATAC文库质控的一个指 数据分析 归一化 公众号 原创 庐州月光 2022-06-22 04:55:33 457阅读 ess残差平方和 rss残差平方和怎么算 决定系数TSS(样本平方和)RSS(残差平方和) 又称为误差平方和衡量模型拟合效果R^...