要计算整个基因组的深度，可以使用以下命令：mosdepth genome_depth sample.bam 计算特定区域的深度 你可以...
001、使用命令 及生成结果 samtools flagstat -@56ERR3143219.sort.bam > flagstat.txt ## samtools flagstat统计 002、输出结果解读 (base) [b20223040323@admin1 test]$ cat flagstat.txt## 会多于原始的fastq中的reads数目,因为存在比对到参考基因组多个位置的情况188862098+0intotal (QC-passed reads + QC-f...
samtools flagstat参数对比对的bam文件进行统计 解读 001、命令 samtools flagstat sample_name.sorted.bam > sample_name.flagstat.txt## 基本命令 a、生成的文件是一个包含16行的文本文件: 002、 (base) [b20223040323@admin2 workdir]$ cat Asiatic1.flagstat.txt## 查看统计结果622520785+0intotal (QC-passed ...
1:该read是成对的paired reads中的一个 2:paired reads中每个都正确比对到参考序列上 4:该read没比对到参考序列上 8:与该read成对的matepair read没有比对到参考序列上 16:该read其反向互补序列能够比对到参考序列 32:与该read成对的matepair read其反向互补序列能够比对到参考序列 64:在paired reads中,该read...
刚才朋友给我转发聊天记录问我真的假的,我一看是傻卵群友解读文件,说明年要拆墙互联,然后在那 最伟大的白字 2024-10-11 19:27 刚才朋友给我转发聊天记录问我真的假的,我一看是傻卵群友解读文件,说明年要拆墙互联,然后在那复读“见证历史!”这种傻卵内容到底是谁在传播谁在信[微笑][微笑][微笑]...
mosdepth --by <BED文件> <输出文件前缀> <BAM或CRAM文件> 指定线程数 可以使用`-t`或`--threads`...