.pdb 文件是 Python 调试器(pdb)使用的二进制文件格式。它用于存储程序运行时的内部信息,包括变量值、函数调用、内存地址等。在 Python 中,可以通过运行 Python 代码来生成 ...
我有点惊讶没有人提到 BioPython 的 Bio.PDB 包。自己编写 PDB 解析器是一个相当严重的不必要的重新发明案例,我的意思是重新实现轮子。 BioPython 是一个有用的包集合,可用于处理其他类型的生物数据(例如蛋白质或核酸序列)。 更新 我通过示例添加了一些用于下载和读取 PDB 文件的函数: import os import sys impo...
PDB的存储者除了需上传蛋白结构PDB文件外,还需要上传对应的结构因子文件,比如MTZ文件(原子的电子云密度文件),在结构解析时用以模建原子坐标。该文件反应了蛋白晶体的衍射数据,是一个二进制文件,不能通过文本编辑,只有通过特定的蛋白结构软件才能查看。 图文编辑:...
PDB数据库存储结构数据的文件是PDB文件,每一个蛋白质或核酸都对应着一个编号,即PDB ID, 文件的扩展名为.pdb。PDB文件可以由各种3D 结构显示软件打开,比如pymol,Swiss-PDB viewer,VMD 等。 PDB文件里面的信息是有严格的格式的。各行数据, 如...
PDB是微软的调试信息格式,由VS生成,方便源码调试。PDB文件中包含了变量、函数、类型、源码行号等信息,用VS(或者Windbg等调试器)调试二进制时,在源代码上下断点、源码单步、显示变量值等功能都需要有PDB文件。 本文提供的dumppdb工具能解析PDB文件,输出里面的类型信息,如结构体定义。抽出里面的类型定义导入IDA逆向更方便...
query-pdb是一个用于在服务端解析PDB文件的工具,客户端只需要向服务端发送要查询程序文件的版本信息和所需的全局变量、函数名称、结构体属性名,即可得到对应的偏移量。 PDB文件是Windows平台上的调试符号文件,其中记录着可执行文件的调试符号信息,包括全局变量、函数、结构体(联合体)、枚举等信息。微软为Windows平台上...
解析pdb文件得到未导出变量地址(转),程序要用到dbghelp.dll中的一些函数http://msdn.microsoft.com/en-us/library/ms679291%28VS.85%29.aspx要自己下载系统对应的符号文件首先是一些初始化的东西:设置符号选项,调用下面两个函数DWORDOptions=Sy
命令行出现(Pdb)提示符。 查看源代码 l 1. 查看当前位置前后11行源代码(多次会翻页) 当前位置在代码中会用–>这个符号标出来 ll 1. 查看所有源代码 断点 添加断点 b #查看断点设置 b lineno #断点添加到哪一行 b filename:lineno #断点添加到哪个文件 ...
打开PDB,CIF和FASTA文件。 对iOS,iPadOS和macOS的完全拖放支持。 支持从邮件附件,其他应用程序和“文件”应用程序打开文件。 PDB,CIF和FASTA文件的视觉表示。 小型FASTA文件的对齐方式。 来自FASTA文件的小规模蛋白质折叠+可视化表示。 残留物/原子类型的灵活着色选项。
《Python程序设计（第3版）》，（ISBN：978-7-302-55083-9），董付国，清华大学出版社，2020年6月第...