表达谱是指一个生物体在特定时间和空间范围内的所有基因的表达情况。即在特定条件下,所有基因的表达情况构成的基因表达谱。通过对不同条件下的一个组织或细胞的基因表达谱的分析,我们可以了解其生理和病理过程中的基因表达变化情况。 表达谱研究的主要手段是基因芯片和高通量测序技术。在基因芯片中,已经包含了许多基因...
翻译表达谱的话,就是蛋白表达谱 表达谱差异分析(differential expression profiling)主要包括基因表达谱(gene expression profiling)和蛋白质表达谱(protein expression profiling)。大规模表达谱分析已经成为认识疾病分子机制的有利方法,在癌症研究等方面取得了一定的进展。成功的表达谱分析基于实验及其过程分析的有机结合。
在分析表达谱芯片的时候,我们经常会遇到多个探针对应同一个基因的情况。一般遇到这种情况,最常见的两种处理方法是 1)取平均 2)取表达值高的那个探针 那么今天我们就用R来实现这两种处理方式。至于,如何将探针转换成相应的基因名字,相对来说还是比较容易的。一般的芯片数据都会有一个相应的注释文件,从中可以找到探针对...
全表达谱 全表达谱，反映待检样品中所有基因的表达情况的图谱。
最近,在《GEO数据库介绍与数据检索》和《如何从GEO下载数据辅助文章发表?》两篇教程中已经介绍过GEO数据库中表达谱数据的查找和下载,而在《要是早知道有这样的分析工具就好了!》一文中介绍了如何用GEO2R对表达谱数据进行差异分析,并提到了GEO2R所使用的R脚本(见R script选项窗口)。 那么,具体如何使用R脚本进行分...
转录组测序和数字表达谱测序相⽐，主要有如下不同：第⼀，测序⽬标不同。转录组测序可以测定特定组织中全部 mRNA，⽽表达谱测序只是测定 mRNA的 36bp标签序列；第⼆，代表性不同。数字表达谱测序只测定 36bp 标签序列，⽽转录组测序测定转录本全长，因⽽可以更准确地代表样品转录表达情况；第三，应...
数字基因表达谱 数字基因表达谱（Digital Gene Expression Profiling，DGE），是利用新一代高通量测序技术和高性能计算分析技术，能够全面、经济、快速地检测某一物种特定组织在特定状态下的基因表达情况。数字基因表达谱已被广泛应用于基础科学研究、医学研究和药物研发等领域。
对于新基因的发掘,基因表达谱数据可以用于预测新基因的表达模式并设计特异性引物进行验证,从而促进新基因发现的进程。在疾病诊断和治疗跟踪方面,基因表达谱数据可以用于诊断和治疗各种疾病,例如:癌症、神经系统疾病、自身免疫性疾病和代谢性疾病等。 基因表达谱数据的分析包含许多步骤和方法,它们旨在发现生物学和疾病的特征...
自1885年建立体外细胞培养技术以来,细胞作为模型系统已经广泛地用于疾病研究和药物筛选,是目前全球使用最广泛的体外研究模型。国际上,基于多种组学技术特别是基因表达谱技术的药物研究模式已成趋势。 基因表达是指储存遗传信息的基因经过一系列...