尽管已经明确Tcirc、TRM和TEX细胞存在异质性,并且这类异质性是由转录谱差异所决定的,但是,不同组织中CD8+T细胞的表观遗传谱变化,仍没有详细研究过。 近日,来自美国斯坦福大学的Ansuman T. Satpathy和澳大利亚墨尔本大学Laura K. Mackay研究组合作在Immunity...
此外,药物基因组结合和表观遗传图景的单细胞共测定,对于说明药物靶点和表观遗传背景的相容性,也至关重要。 在本研究中,团队介绍了scEpiChem,这是一种能够单细胞同时检测小分子药物靶标结合和表观遗传谱的方法。该方法涉及将生物素化(btn)...
表观遗传图谱在表观遗传疗法的生物标志物和靶标的识别与鉴定方面具有巨大的应用前景。将染色质免疫沉淀(ChIP)与测序技术相结合的ChIP-Seq,能够高效地在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段。 然而,ChIP步骤较多,需要耗费大量的时间进行条件优化等。Covaris不仅可以提供自动声波聚焦技术(AFA)高性能样本...
该研究基于绵羊9个重要组织的多维度(RNA-Seq、ATAC-Seq、CUT&Tag和Hi-C)数据,绘制出国际首张绵羊多组织表观遗传调控图谱,对绵羊基因组进行了系统功能注释,鉴定出753,723个非冗余功能元件,其中60%以上为首次发现,主要包括与感知能力、免疫反应和尾部脂肪沉积相关的组织特异性启动子和增强子(图1);并结合全球不同尾...
表观遗传调控大家都不陌生,而结直肠癌也属于甲基化领域研究较为广泛的癌种,针对表观遗传调控谱的结直肠癌分型,会给我们带来哪些启示呢? 一、摘要 1.研究背景 ①结直肠癌(CRC)是全球第三大常见癌症和第二大癌症死亡原因。目前,临床上广泛采用病理分期来预测结直肠癌患者的预后和指导治疗方案的选择。然而,同一病理...
潜在生物标志物探索:通过对 P4 所有时间点的高、低甲基化基因进行纵向分析,发现 P4.1 阶段就已经建立了独特的表观遗传特征,并在后续时间点保持。在从 P4.1 到 P4.3 的转变过程中,有 704 个高甲基化基因和 311 个低甲基化基因保持不变。这些基因中,包含一些对正常造血发育至关重要的基因,如 ELANE、CSF3R、GF...
利用生物大数据技术进行表观遗传谱分析的关键步骤包括数据获取、预处理、分析和解释。首先,研究人员需要从公开数据库或实验室自行产生的数据集中获取相关的表观遗传数据。这些数据包括测序数据、甲基化数据或其他相关修饰的信息。数据获取后,需要进行预处理,包括对原始数据的质控、去除低质量的序列、去除技术偏差等。 在预...
NIH Roadmap表观基因组项目继续这一研究旅程,专注于人类表观基因组数据。该项目于2008年启动,旨在阐明表观遗传调控如何影响人类发育和疾病。Roadmap表观基因组项目使用了许多与ENCODE相同的技术,但几乎完全专注于DNA甲基化和组蛋白修饰等表观遗传特征,而ENCODE则更侧重于识别DNA结合因子的结合位点。
表观遗传谱如何得到，能像测序一样测出来 表观遗传学是研究基因的核苷酸序列不发生改变的情况下，基因表达的可遗传的变化的一门遗传学分支学科。表观遗传的现象很多，已知的有DNA甲基化（DNA methylation），基因组印记（genomic imprinting），母体效应（maternal effects），基因沉默（gene silencing），核仁...