临床样本组学研究Day4:表观遗传组学(甲基化测序) 在表观遗传中,DNA甲基化修饰具有非常重要的地位,甲基化修饰方式多种多样,其中胞嘧啶杂环5号位的甲基化修饰较为常见,又称为5-甲基胞嘧啶(5mC)。 DNA的启动子甲基化是表观遗传学调控的一种重要形式,主要发生在基因组的CpG岛区域。 何为CpG岛DNA链上的CG位点能够...
同时该位点没有被抑制性染色质H3K27me3标记;(图B)ATAC-seq 分析得出与幼稚 CD4+T细胞相比, Tox2基因座在Tfh中显示出染色质可及性增加(即染色质开放程度增大);(图C)qRT-PCR测序:Tox2 mRNA 表达与Cxcr5、Bcl6和Pdcd1密切相关。
该文章通过单细胞多组学测序技术分析了人卵巢体细胞和卵母细胞中基因表达,甲基化和染色质可及性,揭示了人卵细胞DNA甲基化的从头建立过程和分子调控特征,对于理解人类生殖细胞的表观遗传编程及其相关机理具有重要意义。
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2022年3月1日,中国科学院昆明植物研究所刘爱忠团队通过转录组测序(RNA-seq)+DNA甲基化(WGBS)+组蛋白修饰ChIP-seq的多组学研究揭示蓖麻DNA甲基化谷对种子特异性基因表达的表观遗传调控分子机制,研究成果以“Epigenetic regulation of seed-specific gene expression by DNA methylation valleys in castor bean”为题发表...
表观组: 甲基化位点与差异甲基化分析,将甲基化数量性状位点与目标基因关联分析,进一步筛选候选位点。 联合分析: 不同组学水平的数据整合进行关联分析,不同纬度阐明生物体细胞生命过程,获取从细胞到个体的动态变化情况,助力研究物种复杂性状的调控与遗传机制。
重亚硫酸盐(Bisulfite)处理能够将未甲基化修饰的C碱基将被转化为U,而甲基化修饰C碱基将保持不变,因此成为表观遗传学研究的经典实验方法。WGBS(Whole Genome Bisulfite Sequencing,全基因组甲基化测序)将Bisulfite处理与高通量测序技术相结合,能够绘制单碱基分辨率的DNA甲基化图谱,可用于研究物种特定DNA区域甲基化与特定表...
RNA-seq:转录组测序技术 技术介绍 RNA-seq(RNA sequencing)即转录组测序技术,就是用高通量测序技术进行测序分析,反映出mRNA, smallRNA, noncodingRNA等或者其中一些的表达水平。在过去的十年中,RNA-Seq技术迅速发展,并成为了在转录组水平上分析差异基因表达/mRNA可变剪切的不可缺少的工具。随着下一代测序技术的发展...
生物信息学测序数据分析,转录组学,表观遗传组学,蛋白质组学,代谢组学测序数据分析,RNA-seq,ChIP-seq,ATACseq,DNA 甲基化原始测序数据分析,TCGA,GEO数据库挖掘,meta分析,生存分析,cox单因素、多因素回归分析,KEGG,GO富集分析等。代做各类文章插图,如:火山图,热图,相关性分析图,主成分分析PCA图,箱线图,小提琴图...
他们结合新生细胞标记和组合索引单细胞测序技术(single-cell combinatorial indexing),开发了一项单细胞组学新方法TrackerSci,用于表征体内增殖祖细胞的转录组和开放染色质组。使用TrackerSci,作者研究了不同年龄阶段和阿尔茨海默病模型小鼠的全脑新生细胞,揭示了多样的祖细胞类型及其表观遗传特征,量化了与衰老相关的细胞类型...