motif中文译成模体或基序等，它在蛋白质结构方面的含义与超二级结构非常相似，也有人认为二者完全相同。不过motif一般指蛋白质种常见的结构元件，而且从功能角度考虑较多，所以并不局限于二级结构组合。例如，在细胞粘附过程中发挥重要作用的RGD motif，就仅仅由Arg-Gly-Asp三肽构成。这个模体已经在多种蛋白中发现，而且...
最小的二级结构的组合称为基序(motif)motif,由数个二级结构元件组成。基序(motif)可以在拥有不同序列的蛋白质中重复出现。一个非常常见的基序(motif)就是β-α-β基序(motif),其中两个相邻的β链由一个α螺旋连接,这使得平行β片得以形成。 一个或多个基序(motif)可以组装成一个紧凑的球体结构,也就是域 (dom...
因为蛋白质的空间结构是发挥功能的基础,凡是能影响蛋白质构象的物化和生物因素等,均可影响其功能。 蛋白质所具有的生物学功能常与一些特殊的结构有关,如特定的基序(又叫模体,motif)和结构域(domain)。具有相同基序或结构域的蛋白质可归为一大类,叫超家族(super family)。 依照蛋白质序列特征进行功能预测,主要有以...
一、蛋白测序 蛋白测序服务两种主要分析方法 蛋白测序服务两种主要分析方法:Edman降解(Harvey和Ferrier,2011;Bauer等,1997)和质谱分析(MS)(Sahukar等,2016)。蛋白质测序和鉴定常用质谱法,Edman降解法是表征蛋白质N端重要的方法之一。 百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap FusionLumos质谱仪及岛津公司Edman降解测...
由于酶对给定底物的部分生化偏好可能是由修饰位点周围的残基决定的,因此生物化学家将研究重点放在确定引起特定酶 - 底物相互作用的关键相邻残基上,这种蛋白或多肽序列形成的特定残基模式称为基序(Motif)。 分析方法 使用Motif-x 或 iceLogo 分析方法预测修饰位点的潜在基序(Motif)特征。将鉴定到的修饰位点上下游各 10 ...
Motif并不局限于基因组DNA序列还是RNA序列,甚至蛋白质序列也可以提取出相应的motif。通过序列信息的解析,我们可以解析生物学过程中的密码。当某一个大类的序列中,大量重复出现相同的序列结构的时候,就可能存在探索它意义的价值。基于motif序列的提取,我们可以预测潜在的结合位点等等,有助于我们进一步理解各生物学过程中...
蛋白质上的Motif往往对其功能具有重要作用,并且不同的Motif通常对应不同的功能。举例来说,哺乳动物中actin聚合相关的两个同源蛋白N-WASP和WAVW2,其不同的Motif对应了不同的功能:Pro-rich符合与其他蛋白的SH3 domain结合进行调控,V负责与G-actin的结合,而CRIB负责结合并受到Rho GTPase的调控等,如下图所示(Tadaomi ...
motif中文译成模体或基序等,它在蛋白质结构方面的含义与超二级结构非常相似,也有人认为二者完全相同。不过motif一般指蛋白质种常见的结构元件,而且从功能角度考虑较多,所以并不局限于二级结构组合。例如,在细胞粘附过程中发挥重要作用的RGD motif,就仅仅由Arg-Gly-Asp三肽构成。这个模体已经在多种蛋白中发现,而且至少...
模序(motif)是指在多肽链内顺序上相互邻近的二级结构在空间折叠中靠近,彼此相互作用,形成规则的二级结构聚集体,常与某种特定的功能相联系。它们可直接作为三级结构的“建筑块”或结构域的组成单位,是蛋白质构象中二级结构与三级结构之间的一个层次。如:转录因子中的“碱性螺旋—环—螺旋”结构,多肽链内相邻的2个α...
蛋白质的三级结构指单条多肽链中所有原子在三维空间的整体排列,由疏水作用、离子键、氢键和范德华引力维持稳定。模体(motif)是蛋白质中由多个二级结构元件形成的特定超二级结构组合;结构域(domain)是蛋白质三级结构中可独立折叠并具有特定功能的局部区域。 1. **三级结构概念**:三级结构是单条多肽链通过侧链基团相互...