根据比对结果,可以构建同源序列之间的系统发育树,以了解它们的进化关系。 在分析BLAST蛋白序列比对结果时,需要综合考虑上述因素,以确定比对结果的质量和生物学意义。必须注意的是,BLAST比对是基于序列的相似性,不一定总是反映蛋白的功能相似性。特别是对于低相似度的匹配,可能需要更多的生物学验证来确定它们之间的确切关系。
(2)建库比对 makeblastdb -in /share/home/ncbi/genomic.fa -dbtype nucl -parse_seqids -out nucl_blastdb -logfile nucl_blastdb_log #核酸库makeblastdb -in /share/home/ncbi/pep.fa -dbtype prot -parse_seqids -out pep_blastdb -logfile pep_blastdb_log #蛋白库blastp -query seq.fasta -out...
下面是进行蛋白质BLAST的基本操作方法: 1.打开NCBI(国家医学图书馆)的BLAST页面,网址为 2.选择适合的蛋白质数据库。在页面的“blastp”部分,可以选择不同的蛋白质数据库,如“nr”(NCBI非冗余蛋白质数据库),“pdb”(蛋白质数据银行)等。 3.复制或输入要比对的蛋白质序列。在页面的“Enter Query Sequence”部分...
拿到多个蛋白序列想做同源分析,得先理清整体思路。准备好所有序列的FASTA格式文件,每个序列的标识符不能重复,最好用英文命名避免乱码。序列长度差异过大的话,建议提前用ClustalOmega做初步比对,把明显不相关的区段剪掉,保留保守结构域。 选工具要看数据量。超过50条序列建议用本地版BLAST+,配置好数据库后运行速度快,...
BLAST，这个基础局部比对搜索工具，在蛋白质和核酸序列分析中扮演着重要角色。它通过查找目标序列在已知数据库中的同源序列，帮助我们进行序列相似性研究，如蛋白功能鉴定、家族分类和进化探索等。解读BLAST蛋白序列比对结果的关键点包括：首先，理解比对统计信息，如比对得分、位点数和相似性分数，这些数据能评估...
1 首先登陆https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed，NCBI首页。点击首页下端BLAST,进入blast界面。2 BLAST界面提供blastn，blastp，blastx，tblastn，tblastx等选项。已知蛋白序列，查找某菌种对应的同源基因信息，点击tblastn 3 点击进入后，复制蛋白序列到序列框，或者“选择文件”。选择Organism。完成上述信息后，点击...
BLAST活性蛋白是一种通过生物技术提取的高活性蛋白,广泛应用于生物制药、诊断试剂和细胞培养等工业领域。在B2B交易中,买家通常关注蛋白纯度(如≥95%)、活性单位(IU/mg)及批次稳定性,这些指标直接影响下游应用效果。我们平台汇聚了经严格质检的BLAST活性蛋白供应商,可提供技术参数文档和定制化分装服务。如需了解具体规格或...
NCBI blast+下载地址:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/, 视频播放量 12065、弹幕量 2、点赞数 80、投硬币枚数 28、收藏人数 209、转发人数 30, 视频作者 黑马UQ, 作者简介 好记性不如烂笔头,记录下来,用时方便。,相关视频:【知识分享】生
Blast,全称Basic Local Alignment Search Tool,即"基于局部比对算法的搜索工具",由Altschul等人于1990年发布.Blast能够实现比较两端核酸或者蛋白序列之间的同源性的功能,它能够快速的找到两段序列之间的同源序列并对比对区域进行打分以确定同源性的高低. Blast的运行方式是先用目标序列建数据库(这种数据库称为database,里...
将需要比对的蛋白质序列选中，在BLAST界面Enter Query Sequence下面的大框中输入，如果是和数据库所有的蛋白质序列进行比对，再下面的Choose Search Set中选择需要比对的数据库。Program Selection中的比对可根据个人需要进行选择。如果进行两两比对，或者多个序列的比对，在Enter Query Sequence框中选中Align ...