ChemNet快速生成蛋白质-小分子复合物构象系综的能力,对于计算酶设计和小分子结合位点设计工作具有相当的实用性:可以轻松评估活性位点的结构精度,以及关键催化/相互作用侧链基团的预组织程度。作者在全新逆醛缩酶的设计中使用ChemNet生成构象系综进行筛选,其活性远高于此前的设计。作者预计,基于ChemNet的构象系综生成将广泛用于...
此外,当前的打分函数通常仅包含单一的输出,主要包含以下几类:1)蛋白质-配体复合物结合亲和力,通常包括Ki, Kd或IC50的负对数;2)小分子结合姿态相对于天然构象的RMSD;3)结合自由能;4)其它数据空间的分数,比如通过预测蛋白质残基与小分子原子间的距离分布来计算距离似然势。对于一个分子对接产生的蛋白质-配体复合物,...
该文提出了一种新的AI驱动的蛋白-小分子复合物结构柔性建模方法FlexPose,可准确高效的预测复合物结构、亲和力及模型置信度。模型采用标量-矢量二元特征表示和SE(3)-等变网络,以端到端动态建模复合物结构;同时提出构象感知的预训练和弱监督学习策略提高模型在未见过的化学空间中泛化性。在PDBbind,APObind数据集上的评...
而后,作者使用PDB(Protein Data Bank)中的蛋白质小分子复合物,对模型在复合物构象预测任务上进行训练。作者对PDB中的蛋白质小分子复合物进行了一定的筛选,去除了分辨率低(>2.5Å)、未解出原子多(>10%)、非标准残基多(>20%)以及所含小分子与设定的测试集中小分子过于相似(Tanimoto similarity > 80%)的结构,留...
构建复合体: 将3HTB_processed.gro复制后粘贴,重命名为complex.gro。将jz4.gro中的内容插入到3HTB_processed.gro中的蛋白原子之后,盒向量之前,并修改第二行的原子总数(修改为蛋白和小分子的原子总和) 绿色部分是加进来的部分.png 修改第二行的总和数 构建拓扑:将JZ4的拓扑包含到体系拓扑中去,在topol.top中...
蛋白与共价小分子复合物是指由蛋白质与共价结合的小分子（如药物、代谢产物等）组成的复合物来自。这种...
作者希望将一种常见的小分子CA抑制剂乙酰唑胺AAZ与人纤维连接蛋白Fn结合,并进化其疏水loop从而增强其结合力和特异性。 基于酵母表面展示技术,作者首先在酵母表面融合表达了一个Fn-AAZ文库,AAZ通过马来酰亚胺与Fn BC loop上唯一的Cys共价链...
本文将以3htb为例,探讨蛋白与小分子复合物的动力学模拟。 3htb是一种由蛋白质和小分子组成的复合物,它在细胞内发挥重要的生物学功能。通过动力学模拟,我们可以研究3htb的结构稳定性、构象变化和相互作用机制,为进一步理解其生物学功能提供重要线索。 在动力学模拟中,我们首先需要获取3htb的三维结构。通过实验手段,...
SHP099是诺华(Novartis)发现的SHP2小分子抑制剂。青云瑞晶复刻了SHP099与SHP2的小分子-蛋白复合物结构,达到了1.9 Å的分辨率。 背景SHP2(Src homology 2 containing protein tyrosine phosphatase2)是由PTPN1…
作者希望将一种常见的小分子CA抑制剂乙酰唑胺AAZ与人纤维连接蛋白Fn结合,并进化其疏水loop从而增强其结合力和特异性。 基于酵母表面展示技术,作者首先在酵母表面融合表达了一个Fn-AAZ文库,AAZ通过马来酰亚胺与Fn BC loop上唯一的Cys共价链接,其中包含不同长度的linker和不同的Fn序列。为了检测复合物的结合力和...