ChemNet快速生成蛋白质-小分子复合物构象系综的能力,对于计算酶设计和小分子结合位点设计工作具有相当的实用性:可以轻松评估活性位点的结构精度,以及关键催化/相互作用侧链基团的预组织程度。作者在全新逆醛缩酶的设计中使用ChemNet生成构象系综进行筛选,其活性远高于此前的设计。作者预计,基于ChemNet的构象系综生成将广泛用于...
此外,当前的打分函数通常仅包含单一的输出,主要包含以下几类:1)蛋白质-配体复合物结合亲和力,通常包括Ki, Kd或IC50的负对数;2)小分子结合姿态相对于天然构象的RMSD;3)结合自由能;4)其它数据空间的分数,比如通过预测蛋白质残基与小分子原子间的距离分布来计算距离似然势。对于一个分子对接产生的蛋白质-配体复合物,...
该文提出了一种新的AI驱动的蛋白-小分子复合物结构柔性建模方法FlexPose,可准确高效的预测复合物结构、亲和力及模型置信度。模型采用标量-矢量二元特征表示和 SE(3)-等变网络,以端到端动态建模复合物结构;同时提出构象感知的预训练和弱监督学习策略提高模型在未见过的化学空间中泛化性。在PDBbind,APObind数据集上的...
而后,作者使用PDB(Protein Data Bank)中的蛋白质小分子复合物,对模型在复合物构象预测任务上进行训练。作者对PDB中的蛋白质小分子复合物进行了一定的筛选,去除了分辨率低(>2.5Å)、未解出原子多(>10%)、非标准残基多(>20%)以及所含小分子与设定的测试集中小分子过于相似(Tanimoto similarity > 80%)的结构,留...
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本文将以3htb为例,探讨蛋白与小分子复合物的动力学模拟。 3htb是一种由蛋白质和小分子组成的复合物,它在细胞内发挥重要的生物学功能。通过动力学模拟,我们可以研究3htb的结构稳定性、构象变化和相互作用机制,为进一步理解其生物学功能提供重要线索。 在动力学模拟中,我们首先需要获取3htb的三维结构。通过实验手段,...
作者希望将一种常见的小分子CA抑制剂乙酰唑胺AAZ与人纤维连接蛋白Fn结合,并进化其疏水loop从而增强其结合力和特异性。 基于酵母表面展示技术,作者首先在酵母表面融合表达了一个Fn-AAZ文库,AAZ通过马来酰亚胺与Fn BC loop上唯一的Cys共价链...
蛋白与共价小分子复合物是指由蛋白质与共价结合的小分子（如药物、代谢产物等）组成的复合物来自。这种...
小分子是指相对较小的有机化合物,其分子量通常不超过1000道尔顿。这些小分子具有丰富的化学结构多样性,能够通过与蛋白质的特定结合位点相互作用,从而影响蛋白质的功能和活性。小分子对接蛋白复合物的形成是通过分子间的相互作用力,比如氢键、范德华力、离子键和疏水作用等来稳定蛋白质和小分子之间的结合。 蛋白复合物...