蛋白质-配体相互作用指的是蛋白质与小分子化合物之间的相互作用。化合物会与蛋白特定的结合位点发生相互作用,从而形成稳定的蛋白质-配体复合物。分子对接作为一种常见的计算化学方法,用于预测蛋白质与配体之间的结合方式。它能够有效地确定蛋白质-配体复合物的结合位姿,为药物设计提供了一定的帮助。 然而,预测蛋白质与...
分子对接作为一种常见的计算化学方法,用于预测蛋白质与配体之间的结合方式。它能够有效地确定蛋白质-配体复合物的结合位姿,为药物设计提供了一定的帮助。 然而,预测蛋白质与配体之间的结合亲和力仍然是一个备受挑战的问题。从亲和力指标中能够获得关于蛋白质与配体相互作用强度的关键信息,并且在药物的虚拟筛选和再利用中发...
该研究揭示了AI模型SurfDock在蛋白质-配体对接和虚拟筛选中的创新性和卓越表现,为药物发现提供了更精确、更高效的工具,推动了结构基础药物设计的发展。 1、前言 蛋白质与配体的相互作用是分子生物学和药物研发的重要基础。准确预测蛋白质-配体结合模式对于理解细胞过程、揭示疾病机制以及促进结构基础药物设计(SBDD)至关...
与目前国际上最先进的能鉴定配体结合蛋白和结合区域的限制性酶切方法LiP-Quant技术(LiP-MS的改进版)相比,PELSA鉴定靶蛋白的灵敏度提高了12倍;与目前世界上最广泛使用的鉴定配体结合蛋白的蛋白质热转移分析方法(TPP)相比,PELSA的灵敏度...
晶体结合姿态(晶体-晶体): 蛋白质-配体结合结构完全通过实验确定,ColabFold和DiffDock没有引入偏差。 使用DiffDock的全体晶体蛋白(晶体-DiffDock): 在这种情况下使用全体晶体蛋白作为蛋白质结构,并利用DiffDock确定配体的结合姿态。 使用DiffDock的Apo ColabFold(ColabFold-DiffDock): 在这种情况下,作者使用Apo ColabFo...
此外,当前的打分函数通常仅包含单一的输出,主要包含以下几类:1)蛋白质-配体复合物结合亲和力,通常包括Ki, Kd或IC50的负对数;2)小分子结合姿态相对于天然构象的RMSD;3)结合自由能;4)其它数据空间的分数,比如通过预测蛋白质残基与小分子原子间的距离分布来计算距离似然势。对于一个分子对接产生的蛋白质-配体复合物,...
1. 分子对接:分子对接是一种常用的蛋白质-配体结合亲和力预测方法。它通过计算蛋白质和配体之间的相互作用能来预测它们的结合亲和力。 2. 反向分子对接:反向分子对接是一种从已知的配体库中筛选出与目标蛋白质结合亲和力高的配体的方法。通过将分子库中的配体依次与蛋白质进行对接,并计算它们的结合亲和力,从而预测与蛋...
准确预测蛋白质-配体(在本文的语境中,配体意指小分子有机化合物)的结合构象是计算生物学中的一项重要任务。一方面,它有助于人们理解蛋白质与内源小分子或药物分子的互作机制。另一方面,在药物设计或药物筛选(无论是单个蛋白-多个配体的正向筛选,还是单个配体-...
由于蛋白质-配体结合亲和力是由其绝对结合自由能决定的,而绝对结合自由能主要由曲率指定,因此有必要将曲率信息纳入图形表示中以提高预测准确性。曲率的概念与流形的几何形状密切相关,并且已经做出了一些努力来推广图的曲率。 基于这种概括,科学家提出了两种不同的基于曲率的图神经网络,并且它们在基线数据集上表现良好。生...
近期,来自厦门大学的研究团队提出了一种创新的多模态特征提取(MFE)框架,首次将蛋白质表面、3D结构和序列信息相结合,为蛋白质-配体结合亲和力的预测开辟了新路径。相关研究以「Surface-based multimodal protein–ligand binding affinity prediction」为题,于 6 月 21 日发布在《Bioinformatics》上。