一个蛋白质与它的配体(或其他蛋白质)结合后,蛋白质的构象发生变化,使它更适合于功能需要,这种变化称为 A. 协同效应 B. 化学修饰 C. 激活效应 D. 共价修饰 E.
蛋白质-配体相互作用指的是蛋白质与小分子化合物之间的相互作用。化合物会与蛋白特定的结合位点发生相互作用,从而形成稳定的蛋白质-配体复合物。分子对接作为一种常见的计算化学方法,用于预测蛋白质与配体之间的结合方式。它能够有效地确定蛋白质-配体复合物的结合位姿,为药物设计提供了一定的帮助。 然而,预测蛋白质与...
分子对接作为一种常见的计算化学方法,用于预测蛋白质与配体之间的结合方式。它能够有效地确定蛋白质-配体复合物的结合位姿,为药物设计提供了一定的帮助。 然而,预测蛋白质与配体之间的结合亲和力仍然是一个备受挑战的问题。从亲和力指标中能够获得关于蛋白质与配体相互作用强度的关键信息,并且在药物的虚拟筛选和再利用中发...
与目前最先进的方法相比，所提出的框架在蛋白质-配体结合亲和力预测任务上取得了最佳效果。SOTA 性能 表 1 展示了 MFE 和其他基线模型在蛋白质-配体结合亲和力预测任务上的结果。所有模型都使用相同的训练集和验证集划分方法，并在 PDBbind 核心集（版本 2016）上进行测试。可以发现，与所有基线相比，MFE 方法实现了...
一个蛋白质与它的配体(或其他蛋白质)结合后,蛋白质的构象发生变化,使它更适合于功能需要,这种变化称为( )。 A. 协同效应 B. 化学修饰 C. 激活效应 D.
准确预测蛋白质-配体(在本文的语境中,配体意指小分子有机化合物)的结合构象是计算生物学中的一项重要任务。一方面,它有助于人们理解蛋白质与内源小分子或药物分子的互作机制。另一方面,在药物设计或药物筛选(无论是单个蛋白-多个配体的正向筛选,还是单个配体-...
晶体结合姿态(晶体-晶体): 蛋白质-配体结合结构完全通过实验确定,ColabFold和DiffDock没有引入偏差。 使用DiffDock的全体晶体蛋白(晶体-DiffDock): 在这种情况下使用全体晶体蛋白作为蛋白质结构,并利用DiffDock确定配体的结合姿态。 使用DiffDock的Apo ColabFold(ColabFold-DiffDock): 在这种情况下,作者使用Apo ColabFo...
由于蛋白质-配体结合亲和力是由其绝对结合自由能决定的,而绝对结合自由能主要由曲率指定,因此有必要将曲率信息纳入图形表示中以提高预测准确性。曲率的概念与流形的几何形状密切相关,并且已经做出了一些努力来推广图的曲率。 基于这种概括,...
由于蛋白质-配体结合亲和力是由其绝对结合自由能决定的,而绝对结合自由能主要由曲率指定,因此有必要将曲率信息纳入图形表示中以提高预测准确性。曲率的概念与流形的几何形状密切相关,并且已经做出了一些努力来推广图的曲率。 基于这种概括,科学家提出了两种不同的基于曲率的图神经网络,并且它们在基线数据集上表现良好。生...
1. 分子对接:分子对接是一种常用的蛋白质-配体结合亲和力预测方法。它通过计算蛋白质和配体之间的相互作用能来预测它们的结合亲和力。 2. 反向分子对接:反向分子对接是一种从已知的配体库中筛选出与目标蛋白质结合亲和力高的配体的方法。通过将分子库中的配体依次与蛋白质进行对接,并计算它们的结合亲和力,从而预测与蛋...