将蛋白质和配体复合物作为输入，将系统作为输出，观测轨迹仍然有配体分子来回穿越盒子的问题，导致RMSD波动...
体系为蛋白质-配体复合物，保持分子完整性和去除周期性后计算RMSD值时，选择的是骨架和配体重原子，rmsd...