1. 在Yasara中打开(receptorname)-(ligandname)-ligand.pdb和(receptorname)-(ligandname)-receptor.pdb; a) Edit/Transfer/Object;(先选择配体,将配体与受体转移到同一个object中) b) 打开dockxxx.yob文件与1. a) 输出文件进行结构比对,观察是否相同; 2. Edit/Clean/All; 3. Options/Default pH/OK(默认...
1.结构的预处理 点击Tasks>Protein Preparation and Refinement>Protein Preparation Wizard打开蛋白制备窗口; 在PDB文本框输入6LU7并点击 Import导入蛋白结构至工作界面; 当然这里也可直接从文件中导入自己的复合物结构,如分子对接之后的复合物结构。 随后,对复合物结构进行预处理,包括纠正成键信息,添加氢原子,用NME和A...
因为自己在学习gromacs的时候是在油管上看的视频,但基本都是gromacs tutorial里的水中的溶菌酶这个第一个教程,所以想着把蛋白质配体复合物的模拟做个记录,可能会有不严谨或者错误的地方,多多包涵。如果能稍微帮到自学gromacs的人就太好了。知识 野生技能协会 蛋白质 分子动力学模拟 ...
论文的Motivation: 本研究的主要目标是自动化和复现Gromacs蛋白质/蛋白质-配体复合物和蛋白质在水中的模拟工作流。为了简化模拟输入和参数化,我们开发了一个自动化的bash工作流。同时,该工作流还包括轨迹分析和基于MM/PBSA的自由能计算,以评估蛋白质-蛋白质/配体相互作用和候选化合物的性质。通过提供图形用户界面和减少...
AlphaFold 3对TIM3-配体复合物的结构预测与实验结果一致,并发现在实验中所观察到的结合口袋。 并且AlphaFold 3所预测的结合模式几乎与实验中的晶体结构完全一致,而所预测的无配体结构则显示了一个呈扁平和开放状态的不同口袋构象。AlphaFold 3在蛋白质有无配体的状态下显示不同的结构预测,表明它能够根据其他分子的存在...
用文本编辑器,直接打开那个文件,把小分子配体的那部分删除掉就行了。也可以在ADT上,选中小分子,然后DELETE rainbow001 我想在Built/Edit模块里除去配体和小分子,怎么办? tjegg 用vi编辑器,最后的信息就是配体和小分子。 [ Last edited by yjcmwgk on 2009-10-24 at 12:21 ], iconsdkxq7 delete---atoms...
用文本编辑器,直接打开那个文件,把小分子配体的那部分删除掉就行了。也可以在ADT上,选中小分子,然后...
一、受体与配体准备 在Yasara中对dockxxx.yob进行操作,将receptor和ligand分别另存为: (receptorname)-(ligandname)-receptor.pdb和(receptorname)-(ligandname)-ligand.pdb; 二、分子动力学模拟文件准备 1. 在Yasara中打开(receptorname)-(ligandname)-ligand.pdb和(receptorname)-(ligandname)-receptor.pdb; ...
一、受体与配体准备 在Yasara中对dockxxx.yob进行操作,将receptor和ligand分别另存为: (receptorname)-(ligandname)-receptor.pdb和(receptorname)-(ligandname)-ligand.pdb; 二、分子动力学模拟文件准备 1. 在Yasara中打开(receptorname)-(ligandname)-ligand.pdb和(receptorname)-(ligandname)-receptor.pdb; ...