蛋白质-配体相互作用研究背景 蛋白质-配体相互作用指的是蛋白质与小分子化合物之间的相互作用。化合物会与蛋白特定的结合位点发生相互作用,从而形成稳定的蛋白质-配体复合物。分子对接作为一种常见的计算化学方法,用于预测蛋白质与配体之间的结合方式。它能够有效地确定蛋白质-配体复合物的结合位姿,为药物设计提供了一定...
蛋白质-配体相互作用指的是蛋白质与小分子化合物之间的相互作用。化合物会与蛋白特定的结合位点发生相互作用,从而形成稳定的蛋白质-配体复合物。分子对接作为一种常见的计算化学方法,用于预测蛋白质与配体之间的结合方式。它能够有效地确定蛋白质-配体复合物的结合位姿,为药物设计提供了一定的帮助。 然而,预测蛋白质与...
在片段-蛋白质相互作用中,该团队重点研究了与E3泛素连接酶、包括SLC29A1(hENT1)在内的转运蛋白和细胞周期蛋白依赖性激酶(CDKs)相互作用的配体。使用ML框架可以更深入地研究相互作用,使团队能够预测片段与许多蛋白质的结合。“这使得我们有可能研究和预测片段是否倾向于与具有一致功能的蛋白质亚群相互作用,如转运蛋白或...
研究人员还在 Estructural 中添加了一类基于 ProLIF 计算的蛋白质-配体经验相互作用成分 (IFP) 的边，以包含有关分子间相互作用的先验物理知识。在第二步中，使用嵌入层来获得异构图上每种类型的边和节点的潜在表示。该方案可以引入其他具有明确物理意义的新节点和边，并且可以与后续的表示学习模块无缝集成。为了充分利...
一种通过 “paralog-hopping” 策略,利用化学蛋白质组学中发现的亲电试剂-半胱氨酸相互作用,来探索蛋白质配体结合口袋的方法,并将其应用于细胞周期蛋白E(cyclin E)的研究,为开发针对癌症的新型治疗药物提供了潜在靶点。 实验结果:层层揭...
配体与蛋白质的结合很少像上述表达式所暗示的那样简单。这种相互作用受蛋白质结构的影响很大,而且往往伴随着构象的改变。例如,当血红素是肌红蛋白的组成部分时,血红素与各种配体结合的特异性就会发生变化。对于游离血红素分子,一氧化碳的结合力比O2强2万倍以上(即一氧化碳与游离血红素结合的Kd或P50比O2低2万倍以上),...
蛋白质配体互作指的是两个分子之间的相互作用,其中一个分子是蛋白质,另一个分子是小分子化合物,又称为配体。蛋白质配体互作是细胞中一种常见的事件,参与调节生理过程中多种代谢途径,如信号转导、能量代谢等。此外,在某些疾病中蛋白质配体互作可以是治疗的重要靶点。 二、蛋白质配体互作的分类 根据小分子化合物与蛋...
蛋白质自带配体是原子，分子和离子。原子，分子和离子都可以作为蛋白质的配体。典型的例子是抗体。抗体会锁定蛋白质表面的受体位点，就像病毒外壳一样。体内的酶和许多其他结构使用蛋白质配体来实现各种功能。
蛋白质配体相互作用是指蛋白质和配体分子之间的结合和解离过程。其中,蛋白质通常是生物大分子中的一种,具有特定的氨基酸序列和空间构型;配体分子则是小分子化合物,可与蛋白质特定的结合位点发生作用。这种相互作用在生物体内广泛存在,起着重要的生物学作用。 对于药物设计而言,蛋白质配体相互作用是一个重要的研究方向。
一、蛋白质配体互作的本质 蛋白质配体互作是指两个或多个蛋白质或小分子结合形成的稳定复合物。其中,较小的分子被称为配体,大的分子称为受体。配体可以是氨基酸、核苷酸、糖类、脂类等小分子化合物,也可以是大分子蛋白质、多肽或寡核苷酸等。 蛋白质配体互作需要有配体与受体间的生理或化学作用,一般包括非共价和共...