在蛋白质组学数据分析过程中,首先会对所有的鉴定和定量数据进行统计和展示,主要关注蛋白鉴定数目、肽段鉴定数目、肽段分布情况以及样品相关性和重复性等内容,展示蛋白质组学数据的定量深度、可信度和重复性等。 如下图所示,蛋白质组定量深度主要体现在各个样品中鉴定及定量到的蛋白和肽段数量,数量越多,表明定量深度...
在蛋白质组学数据分析过程中,首先会对所有的鉴定和定量数据进行统计和展示,主要关注蛋白鉴定数目、肽段鉴定数目、肽段分布情况以及样品相关性和重复性等内容,展示蛋白质组学数据的定量深度、可信度和重复性等。 如下图所示,蛋白质组定量深度主要体现在各个样品中鉴定及定量到的蛋白和肽段数量,数量越多,表明定量深度...
5. 数据分析:R、Linux、Perl、Python等。 3.蛋白质组学分析策略 1) Bottom up 目前蛋白质组学分析应用最广的方法。也是我们所说的“鸟枪法(shotgun)”,此处的“bottom”指的是肽段,“up”则是由肽段推理为蛋白的过程。即需要找到一个合适的蛋白质序列数据库,比如NCBI和Uniprot;找到数据库里的序列的酶切位...
蛋白质组学数据库介绍、数据获取以及数据的分析方法介绍, 视频播放量 23113、弹幕量 10、点赞数 508、投硬币枚数 309、收藏人数 1564、转发人数 219, 视频作者 冬笋DX, 作者简介 ,相关视频:【蛋白质组学】差异蛋白筛选,入门PDB蛋白质数据库,一个视频就够了!,蛋白质组
蛋白质组学中的蛋白质定性(鉴定)可以说是进行蛋白质组分析的第一步,也是必不可少的一部,它涉及从数据校正、搜库以及数据质控等多个环节。iRT质控通过校正保留时间偏移,确保数据的一致性和准确性;数据库搜库通过比对实验数据与理论数据,确定肽段和蛋白质的序列;数据质控通过多方面的质量控制措施,确保实验结果的可靠...
作者利用scPROTEIN方法定量分析了SCoPE2_Specht数据集上的3,042种蛋白质的1,490个细胞，并与现有的单细胞蛋白质组学数据分析流程进行了比较。图3a展示了不同的基于图的嵌入聚类后的效果，可以发现scPROTEIN在SCoPE2_Specht数据集上的所有评估指标方面都取得了最好的性能（图3b）。对于Scanorama和Liger，两种细胞类型...
从上图我们可看出高通量蛋白质组学的研究离不开质谱仪,要想理解蛋白质组学数据分析原理,首先就要明白质谱仪的工作原理。 1.质谱仪的发展 质谱仪发展的几个标志性阶段: 上世纪初,JJ. Thomson发明第一台质谱仪; 40年代,质谱仪用于同位素测定和无机元素分析; ...
蛋白质组学数据分析-第1篇-洞察研究搜索 蛋白质组学数据分析 第一部分 蛋白质组学数据分析概述 ... 2 第二部分 数据预处理与质量控制 ... 6 第三部分 蛋白质鉴定与定量分析 ...
从上图我们可看出高通量蛋白质组学的研究离不开质谱仪,要想理解蛋白质组学数据分析原理,首先就要明白质谱仪的工作原理。 1.质谱仪的发展 质谱仪发展的几个标志性阶段: 上世纪初,JJ. Thomson发明第一台质谱仪; 40年代,质谱仪用于同位素测定和无机元素分析; ...
蛋白质组学 •研究生物体产生的全部蛋白质。 • Foci:鉴定、结构测定、生物标志物、通路、表达。 基质辅助激光解吸飞行时间质谱(MALDI-TOF)法示例频谱 研究动机 只有相对较少的开源软件解决方案可用,而R平台则很少。 • 处理技术和生物复制的必要性。