然后会在数据库中匹配给定蛋白的相互作用关系,很快即可得到PPI网络了。 网络图中,节点代表各蛋白,节点标签为这些蛋白的名称。节点中的图案代表了该蛋白质的三维结构,如果为空则结构目前未知。若两个蛋白质之间存在相互作用,则以连线连接,连线的颜色反映了互作类型,包括试验验证的或预测得到的,也包含直接物理作用、共表...
STRING数据库简介STRING（Search Tool for the Retrieval of Interacting Genes/Proteins）是一个在线的生物信息学数据库，旨在提供基因和蛋白质相互作用的信息。该数据库整合了多种数据来源，包括实验室实验、文献报道和计算预测，以提供全面的相互作用网络。STRING数据库还提供了许多工具和功能，例如基因和蛋白质注释、功...
对于蛋白质相互作用网络中的基因,提供GO和KEGG富集分析的结果。 聚类分析可以帮助用户找到在特定生物过程中发挥重要作用的蛋白质群体。对于一个包含许多节点的蛋白质相互网络,还可以通过Cluster页面来挖掘其中的子网sub network, 或者也可以称之为module, 本质上是对基因进行聚类,属于同一类的基因所构成的相互作用网络就是...
在转录调控相关的文献中,我们经常能够看到这样的蛋白质相互作用网络(protein protein interaction network,PPI network)。具体而言,这些相关的文献中首先通过RNA-seq、表达谱芯片或者蛋白质组分析等,找到了在不同分组样本间一系列的差异表达基因或蛋白。随后,通过STRING数据库(https://string-db.org/)检索了编码蛋白间可...
PPI网络分析的意义在于帮助我们理解蛋白质的功能和相互作用。蛋白质是细胞中最重要的功能分子之一,它们通过相互作用形成复杂的网络结构,从而参与调控细胞的生理和病理过程。通过构建PPI网络并进行分析,我们可以了解蛋白质在细胞中的相互关系,进而找到调控的关键因子。 PPI网络的构建通常基于实验数据或计算机预测。实验方法包括...
蛋白质互作网络(PPI, Protein-Protein Interaction Networks)是由蛋白通过彼此之间的相互作用构成,来参与生物信号传递、基因表达调节、能量和物质代谢及细胞周期调控等生命过程的各个环节。系统分析大量蛋白在生物系统中的相互作用关系,对了解生物系统中蛋白质的工作原理,了解疾病等特殊生理...
蛋白质互作网络分析 我们接下来介绍蛋白质互作网络的分析,STRING 是一个已知和预测的蛋白质-蛋白质相互作用的数据库。这种相互作用包括直接的(物理的)和间接的(功能的)关联; 它们来源于计算预测,来源于生物体之间的知识转移,以及来自其他(主要的)数据库的相互作用。
在前面的教程中,我们介绍了使用omicverse完成基本的RNA-seq的分析流程,在本节教程中,我们将介绍如何使用omicverse完成加权基因共表达网络分析WGCNA以及蛋白质相互作用PPI分析。 环境的下载 在这里我们只需要安装omicverse环境即可,有两个方法: 一个是使用conda:c
在前面的教程中,我们介绍了使用omicverse完成基本的RNA-seq的分析流程,在本节教程中,我们将介绍如何使用omicverse完成加权基因共表达网络分析WGCNA以及蛋白质相互作用PPI分析。 环境的下载 在这里我们只需要安装omicverse环境即可,有两个方法: 一个是使用conda:conda install omicverse -c conda-forge ...
在检测过程中,将PPI探针与细胞或组织样本中的蛋白质混合,亲和标签与目标蛋白质特异性结合,蛋白质亲和标签与亲和标签相互作用,从而形成蛋白质-亲和标签-蛋白质亲和标签的三元复合物。通过检测检测标签的信号强度和分布,可以分析目标蛋白质的表达水平和定位,以及与其他蛋白质的相互作用。