PS:在预后分析过程中,基于重要蛋白质丰度值和对应LASSO系数计算预后得分,再结合得分和生存时间状态计算相关性,最后也可以对预后得分进行阈值划分人群区分高低风险患者。另外有更取巧的是直接对基因区分在疾病人群高表达和低表达两类基因群构建基因集,利用GSVA包的ssgsea算法对样本的不同基因集打分,基于打分构建分类模型。
该文章针对大多数蛋白质分类的最先进方法都是为单个分类任务量身定制,并且依赖手工制作特征的问题,提出了通用的深度序列模型UDSMProt。该模型在来自Swiss-Prot的未标记蛋白质序列上进行了预训练,并在蛋白质分类任务上进行微调,然后应用于三个典型任务。实验结果表明,UDSMProt与针对这些特定任务量身定制的最新算法的性能...
一、数据准备 蛋白质比赛采用了kaggle官网提供的数据集,以及额外的人类蛋白质图谱网站的数据集。 人类蛋白质图谱网站:https://www.proteinatlas.org/ 二、数据增强 1. 数据增强目的: 增加训练的数据量,提高模型的泛化能力。即使拥有大量数据,也需要采用数据增强的方法来提高模型泛化能力。 增加噪声数据,提升模型的鲁棒...
1. 一种蛋白质分类模型构建方法,其特征在于,包括: 获取组织表达蛋白质分类特征; 根据所述分类特征得到组织特异表达蛋白质的预测模型;以及 根据所述预测模型对蛋白质进行分类。 2. 根据权利要求1所述的方法,其特征在于,获取组织表达蛋白质的分类特征包括: 查询组织特异表达的蛋白质,得到标准阳性数据集; 查询组织广泛...
受到最近开发的蛋白质语言模型的启发，该模型可以隐式编码功能和结构信息并有利于各种下游任务，香港中文大学的研究团队提出了基于双向长短期记忆 (BiLSTM) 框架和蛋白质语言模型的无偏生物体不可知信号肽预测器 (USPNet)，用于对 SP 进行分类并预测其切割位点位置。图：用于预测 SP 和切割位点的 USPNet 工作流程。
蛋白质二级结构是研究蛋白质折叠盘旋结构的基础,蛋白质盘旋和折叠的状态决定了人体生物蛋白酶的活性,如果这种生物活性缺失或者降低将直接会导致疾病的产生,因此确定蛋白质二级结构将对研究人体内蛋白复合物以及医学疾病的防治有很大的帮助.本文主要提出了基于蛋白质长度分类建模的预测方法,主要的工作包括以下几个方面: (1...
基于优化判别模型的蛋白质分类方法
下图为某蛋白质飘带模型在三个不同角度的视图,请根据该图回答下列问题。(10年)(1)该蛋白在结构分类上属于那种类型?(2) 什么氨基酸残基在位置5出现的概率高 ?(3) 在位置6、7是什么氨基酸残基有利于结构的稳定?(4) 什么氨基酸残基在位置1、2出现的概率高?(5) 什么氨基酸残基在位置3、4出现的概率高?___ ...
本文在已有文献提供的原始数据基础上,采用单棵决策树分类模型预测酵母菌蛋白质之间的相互作用,并用IBM公司的数据挖掘软件Clementine进行实验,通过调整模型预测属性来分析这些属性对模型精确度的影响。实验结果表明:和其他方法相比,单颗决策树能够很好的预测相互作用的蛋白质,具有更高的准确度。 展开 关键词: 决策树;预测...
实验项目:关键蛋白质识别与预测(4课时) 实验任务:设计一个分类模型,根据蛋白质相互作用数据和已知关键蛋白质数据,运用数据预处理和分类算法,对蛋白质的关键性进行预测。 (1) 数据预处理; (2) 建模与评估; (3) 结果分析。 6.关键蛋白质识别与预测.doc 实验报告.doc Essential.txt DIP20101010.txt 如...