安装软件后可在1处Network直接导入蛋白互作网络,点击2处,选择3处STRING protein quary,在4处导入蛋白ID和物种名,搜索之后即可生成相应的蛋白互作网络图,Apps-STRING还有一些其他功能,包括扩大网络,设置蛋白互作可信度阈值等。同样的,通过STRING生成的蛋白互作网络也可以通过3)部分所描述的方法进行调整。 图10 STRING 构...
安装软件后可在1处Network直接导入蛋白互作网络,点击2处,选择3处STRING protein quary,在4处导入蛋白ID和物种名,搜索之后即可生成相应的蛋白互作网络图,Apps-STRING还有一些其他功能,包括扩大网络,设置蛋白互作可信度阈值等。同样的,通过STRING生成的蛋白互作网络也可以通过3)部分所描述的方法进行调整。 图10 STRING 构...
蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)是指两个或两个以上的蛋白质分子通过非共价键形成蛋白质复合体(protein complex)的过程。研究蛋白之间的相互作用网络,有助于挖掘核心的调控基因,目前已经有很多的蛋白质相互作用的数据库,在这里,...
蛋白互作网络图如下 图例信息在Legend中 Settings中可以根据需要改变网络样式。Exports可以将图片和蛋白互作信息导出。在网页界面，可以通过鼠标拖动改变蛋白分布。点击对应的蛋白节点能够查看蛋白结构信息。点击连接线可以获得详细的连接数据 PPI（Protein-Protein Interaction，蛋白质-蛋白质相互作用）网络图是生物信息学中的一...
筛选互作网络的关键蛋白和子网络 在复杂的差异蛋白互作网络中获取关键蛋白和子网络对于寻找生命活动的机制显得尤为重要。 CytoHubba插件介绍 Cytoscape有诸多使用插件,其中cytoHubba插件可以通过几种拓扑算法预测和探索给定网络中的关键节点和子网络。 cytoHubba提供了11种拓扑分析方法,包括Degree, Edge Percolated Component (EP...
蛋白互作网络成为生信文章中常见的图，今天我们学习一下蛋白互作网络的多种展现方式以及cytoscape软件的使用技巧 1 Metascape数据库 http://metascape.org/gp/index.html#/main/step1 打开网站，将基因集复制进去 物种选择人，点击Expression Analysis 运行一会后，出现黄色按钮即可 这个网站不仅可以做蛋白相互作用分析，还...
蛋白质互作网络(PPI, Protein-Protein Interaction Networks)是由蛋白通过彼此之间的相互作用构成,来参与生物信号传递、基因表达调节、能量和物质代谢及细胞周期调控等生命过程的各个环节。系统分析大量蛋白在生物系统中的相互作用关系,对了解生物系统中蛋白质的工作原理,了解疾病等特殊生理...
根据IP-MS实验的数据分析结果,可筛选鉴定出与靶标蛋白相互作用的蛋白。整理成如下2列,以“import network from file”方式导入Cytoscape中,设置Bait列为source node,Interactor列为target node。表格中蛋白可以基因名或Uniprot Accession格式输入,即可生成基于IP-MS定量数据的蛋白互作网络结果。
在网站右侧的搜索框中先选择基因蛋白名、出版物信息或化学物质名称,再选择对应物种,点击Submit Identifier Search。 检索信息如下,该页面上方包含了目标基因/蛋白的基本信息、各个外部数据库链接和互作预测结果统计饼图; 页面下方的Interactors选项卡中,展示了所有与输入的目标基因/蛋白互作的基因、蛋白和化学物质的详细信息...