复现PCA原图之蛋白组学数据NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析 (Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这)、ChIP-seq分析 (ChIP-seq基本分析流程)、单细胞测序分析(重磅综述:三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程 (原理、代码和评述))、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数据挖掘(典型医学设计实验GEO
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genind对象可以通过读取来自其他软件的数据、来自基因型的data.frame、等位基因计数表的转换、甚至是对齐的 DNA 或蛋白质序列来获得。 三、从蛋白质序列中提取多态性 蛋白质序列的比对可以像DNA序列一样在adegenet中被利用。比对被扫描为多态性位点,并且只有这些位点被保留以形成一个genind对象。位点对应比对中残基的位...
该文献通过蛋白质组学((液相色谱-串联质谱法,LC-MS/MS)进行了探索性分析,样品对应于从健康个体的外周血中分离的幼稚和记忆T细胞,并用多种细胞因子刺激5天,每个条件平均3个生物学重复。 这次复现Fig1cPCA图和Fig2aPCA图的另一部分,这次作者是通过蛋白组学数据进行PCA的展现: 以上是Fig1c原图,图注为“PCA plots ...
Sanger研究团队于nature communication在线发表了题为Single-cell transcriptomics identifies an effectorness gradient shaping the response of CD4+ T cells to cytokines的研究内容,作者使用蛋白质组学、bulk RNA-seq和单细胞转录组测序对人体40,000个以上的naïve and memory CD4+ T cells进行分析,发现细胞类型之间...
北京百泰派克生物科技有限公司(Beijing Bio-Tech Pack Technology Company Ltd.简称BTP)从事以生物质谱为依托的生物药物表征,大分子物质(包括蛋白质、多肽、代谢物)质谱分析以及小分子物质检测服务。公司采用ISO9001质量控制体系,专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务,业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药...
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