人类基因组以及多种模式生物、重要生物基因组全序列的完成,标志着生命科学研究进入“后基因组时代 (Postgenome era)”,即功能基因组学(Functional Genomics),如蛋白质组学、代谢组学、营养组学。 功能基因组学从基因整体水平上对生命的活动规律进行阐述,并力求从细胞水平上解决基因组问题,通过建立对生命现象的整体认识...
什么是蛋白组学数据库蛋白组学数据库是对质谱图信号分析时，与作为理论的蛋白质氨基酸序列集合进行比对，从而实现蛋白质的鉴定，文件类型是.fasta。常用数据库Uniprot（https://www.uniprot.org）是全球有关蛋白质方面信息最全面、使用频率高、冗余度最低的蛋白数据库。NCBI（https://www.ncbi.nlm.nih.gov）是基因组...
简介：聚阴离子结合蛋白数据库 12.IUPHAR-DB 简介：G蛋白偶联受体、离子通道数据库 13.GLIDA 简介：G蛋白偶联受体-配体数据库 14.LOCATE 简介：哺乳动物蛋白质亚细胞定位数据库 15.InterPro 简介：蛋白质综合数据库，从大量的数据库中整合而成的包括蛋白质结构域、蛋白质家族、功能位点等信息的数据库 16.ConsensusP...
和TCGA数据库一样,CPTAC数据库也是NIH的一个项目。其中主要提供了不同癌症类型的蛋白质组学数据,此外还包含基因组测序、miRNA测序和DNA甲基化数据等,是不是很棒,一下子可以做多个水平的多组学联合分析。其中基因组数据包含总计1300+不同类型肿瘤病人的WGS、WES和RNA-seq数据,可通过GDC Data Portal访问,也就是咱们...
Uniprot数据库主要子数据库组成如下: (Uniprot子数据库组成) 以上子数据库间的关系如下:Uniprot会收集EMBL、GenBank、DDBJ等公共数据库中的蛋白质序列及功能信息等原始数据,处理后存入UniParc的非冗余蛋白质序列数据库中;UniParc作为数据仓库,再分别给UniProtKB、Proteomes、UniRef 提供可靠的数据集,其中在UniProtKB数据库...
由欧洲生物信息学研究所(EMBL-EBI)维护的蛋白质数据库,提供基于UniProt程序的自动注释信息。 UniProt: 一个全面的、高质量的蛋白质数据库,包含来自UniProtKB/Swiss-Prot的手动注释蛋白质和来自TrEMBL的计算机注释蛋白质。 Human Protein Atlas: 一个项目,旨在分析所有人类蛋白质在各种组织中的表达和定位。
今天小优就带大家入门学习三个蛋白组学数据库的应用,帮助大家提高实验效率! 01、 UniProt数据库 蛋白组学常用数据库UniProt(全称UniProt Protein Resource),建立于1986年,由Swiss-Protein、TrEMBL、PIR-PSD三大蛋白质数据库联合成立的,其信息量丰富、资源广泛,是目前公认的首选免费蛋白质数据库。
但是,目前可用的单细胞蛋白质组学数据库仍存在不足,例如仅提供存储、提交和下载功能,缺乏用户友好的数据处理统一格式,缺乏直观的界面来可视化数据集,数据集覆盖不全面。大规模集成数据库的不足阻碍了研究人员获取和探索单细胞蛋白质组学,阻碍了该领域的发展。
蛋白质组学研究中选择合适的蛋白质数据库是关键一步,因为它直接影响到质谱数据的解析和鉴定的准确性。一些常用的蛋白质数据库及其适用情形如下: 1.UniProt (Universal Protein Resource): 这是最全面的蛋白质数据库之一,包含了大量物种的蛋白质序列信息。适用于多种物种的蛋白质组研究,特别是那些已经有较完善基因组注...