蛋白质数据库是指 专门存储蛋白质相关信息的数据库。它们收集、整理和存储大量的蛋白质数据,包括蛋白质序列、结构、功能、互作关系、表达模式、疾病关联等信息。这些数据经过验证和标准化后,被整合到数据库中,…
但是会导致蛋白质质量下降。通常我们在做蛋白组项目之前，需要查找一下所研究物种的蛋白数据库大小，初步推测是否满足鉴定要求，数据库越大鉴定蛋白一般会越多。具体查看方式如下：以小鼠物种为例，在Taxonomy中输入mouse，出现以下界面，点击Viewproteins，可以看到共有87633个蛋白序列，其中，有17214个Reviewed蛋白质是经过...
AlphaFold是DeepMind公司开发的一个人工智能系统,可以根据蛋白质的氨基酸序列预测蛋白质的结构。AlphaFold前所未有的准确性和速度使得大规模结构预测的数据库得以建立。这将使生物学家能够获得几乎任何蛋白质序列的结构模型,这改变了他们解决研究问题的方式,并加速了他们的项目进展。 该文展示的AlphaFold蛋白质结构数据库,是...
蛋白质结构数据库(ProreinData Bank，PDB)是1971年创建的国际上最著名、最完整的蛋白质三维结构数据库。另外还有蛋白质分类数据库SCOP和CATH。SCOP是英国医学研究委员会分子生物学实验室和蛋白质工程中心开发的基于Web的蛋白质结构分类、检索和分析系统。CATH是另一个著名的蛋白质分类数据库，由英国伦敦大学开发和维护。
下面是笔者总结的常用蛋白质数据库及网址，供大家参考。①BioXFinder：BioXFinder是国内第一个也是唯一一个生物数据库：收录50多万条高质量的、整合多个来源数据，手工注释的非冗余的蛋白质信息，包含蛋白质的基本信息、序列、序列特征、功能、名称和谱系、亚细胞定位、疾病与变异、翻译后修饰、表达、相互作用等信息。蛋白...
蛋白数据库几乎是生物领域研究人员不可或缺的工具之一，UniProt数据库作为资源最广、信息最丰富的蛋白数据库，是查询蛋白功能的首选。UniProt功能全面，小编将通过上下两期内容来详细介绍其使用方法。进入官网（https://www.uniprot.org/），可以看到数据库页面分为上下两部分，上半部分为搜索框（图1），下半部分则是...
序列数据库是生物信息数据库中最基本的数据库，包括核酸和蛋白质两类，以核苷酸碱基顺序或氨基酸残基顺序为基本内容，并附有注释信息。注释信息包括两部分，一部分由计算机程序经过序列分析由计算机程序生成，另一部分则依靠生物学家通过查阅文献资料而获得。序列数据库从一个侧面反映了信息资源的传播从印刷品到电子媒体再...
图1.2 Uniprot子库下载 此外Uniprot数据库包含丰富的功能模块,主要包含:蛋白序列、结构域、亚细胞定位、翻译后修饰、表达情况、蛋白互作等,可以直接输入蛋白质ID或者名称进行查询该蛋白参与的生物学过程。 图1.3 Uniprot 蛋白功能注释信息 1.2 NCBI NCBI(National Center for Biotechnology Information,美国国家生物技术信息中...
⑭NCBI Conserved Domain Database (CDD):NCBI CDD是一个蛋白质保守结构域数据库,用于识别蛋白质序列中的保守结构域和功能模块。它整合了多个结构域数据库的信息,提供了蛋白质序列的结构域注释和功能预测。 ⑮NCBI Protein Clusters:NCBI Protein Clusters是一个蛋白质聚类数据库,将相似的蛋白质序列聚类在一起形成...