打开殷赋云平台【蛋白/核酸/多肽-小分子对接(Vina)】大方案,创建任务,进入提交任务页面; 上传受体和配体结构文件; 上传共晶配体文件,点击【显示盒子】; 使用【准备受体三维结构】步骤中生成的包含口袋位点信息的共晶配体文件定义对接口袋 该步骤的目的是告知程序在受体中哪个区域进行分子对接。 稍等片刻,即返回盒子中心...
Site 4体积最小,不足以容纳小分子,我们认为该区域为伪位点。因此,我们选取Site1-3作为分子对接的3个潜在的结合位点。 图5.抗体的预测结合位点 D.结合模式分析 采用DOCK6.7软件针对3个潜在位点进行了分子对接计算。结果(表1)与预期一致,化合物的两个构型在Site1的结合力均显著高于在其他位点上的结合力。据此,我...
首先加工处理小分子ad_ligand.pdb 给小分子加H原子 给小分子加电荷 加工完成后指定为要对接的ligand 自动确定扭矩中心 确定对接过程中键的旋转与否,绿色为可旋转。 加工完成,将加工结果保存为pdbqt文件。 接下来处理蛋白质分子 先把刚才载入的小分子删除 载入蛋白质分子 然后和处理小分子的过程一样,加H,加电荷 蛋...
5.10 蛋白质-小分子分子对接 生物信息学是一门发展潜力巨大的交叉学科。它体现了生物学、计算机科学、数学、物理学等学科间的渗透与融合,通过对生物学实验数据的获取、加工、存储、检索与分析,达到揭示数据所蕴含的生物学意义从而解读生命活动规律的目的。生物信息学不仅
1.3小分子配体的准备(理论基础)——Autodock Suite分子对接入门视频 抓住一只小憨批 452 0 05:20 分子对接3---蛋白初处理及定义受体 大品种联盟 812 0 15:12 小分子与蛋白对接原来这么简单! 爱学-习的小白-- 1490 0 07:19 3.分子对接-受体蛋白的处理 不可能的可能nur 300 1 01:06 2.分...
4、专题三课程带您一步步实操学习蛋白结构分析、同源建模、虚拟筛选、分子对接(半柔性、柔性对接、蛋白-蛋白、蛋白-多肽、酶蛋白-配体、核酸-小分子、共价对接)、药效团模型、定量构效关系、碎片化药物设计、Gromacs 分子动力学模拟与结果分析,并以实例讲解与练习为主,达到即学即用效果,帮助学员系统掌握计算机辅助药物...
分子对接中结合位点预测网站汇总-V1.0 吟游四海 科研行业 从业人员 分子对接结合位点预测方式: 1. 结构基于方法:这种方法通过分析蛋白质的三维结构来预测对接口袋。常用的结构基于方法包括比对已知复合物结构、空穴预测和结构分析。比对已知复合物结构可以识别与目标蛋白质相似的…阅读全文 赞同6 添加...
使用UCSF DOCK 6.9程序进行分子对接计算，研究蛋白/核酸/多肽与有机小分子的结合模式与相互作用。预备知识 分子对接的算法流程 将配体放置在受体口袋中，搜索/调整配体构象，获得可能的结合构象；对每种结合构象进行打分评估，筛得若干最佳打分构象，称为 姿势（Pose）或 模式（Mode）。定义口袋 该步骤的目的是告知...
优先选择实验解析的蛋白结构,且分辨率较低结构缺失较少的蛋白结构。这里确定IDENTIFIER为4Y8A,共A/B两条链 PDB数据库:https://www1.rcsb.org/ image.png image.png 下载蛋白结构到工作文件夹,注意分子对接工作文件路径不能存在中文 总结:需要根据一些文献知识,了解一般配体所在的部位即相关活性位点。有没有已知的结...
蛋白-小分子对接 蛋白-小分子对接 1.项目说明 采用分子对接技术研究化合物1与受体PARP1的结合模式（图1）。图1.化合物1的化学结构 2.计算方法 从RCSB Protein Data Bank（http://www.rcsb.org）下载PARP1的X-ray晶体结构（PDB 编号：4RV6，分辨率：3.19 Å），以第一个构象作为受体结构。[1].采用UCSF ...