蛋白质互作网络(Protein-Protein Interaction Networks,PPI)构建常用于在转录组分析后获得了一些差异基因或蛋白,亦或是想要寻找研究对象(基因/蛋白)与哪些蛋白之间存在潜在相互作用,并构建蛋白质相互作用网络表示出来,目的是研究这些基因或蛋白之间存在怎样的相互关系,例如物理接触、共表达、共定位等,最终阐述这些基因在生物...
运行一会后，出现黄色按钮即可 这个网站不仅可以做蛋白相互作用分析，还可以富集分析，点击All in One Zip File可以下载所有分析结果和图，这里展示了富集分析中P值最小的前20个，值得一提的是，这个网站的富集分析吧所有的项目放在一起作图，包括Canonical Pathways， CORUM，GO Biological Processes，KEGG Pathway，Reac...
蛋白相互作用网络（PPIN）的拓扑结构是指蛋白质之间相互作用的连接方式和模式，包括节点度数、聚类系数、网...
蛋白质交互作用网络分析(Protein-protein interaction network analysis,简称PPI网络分析)是指通过实验和计算手段来鉴定蛋白质之间的相互作用,并将它们构建成网络模型,分析这个网络模型的拓扑结构和功能模块,以揭示蛋白质网络的特性和调控机制。PPI网络中,蛋白质可以看作是网络中的节点,它们之间的相互作用关系则是节点之间的...
通过蛋白质组学研究，作者们发现转录延伸调节因子中广泛存在推定的TIM序列（图2）。进一步地通过核磁共振实验，作者们得到了转录延伸调节因子之间依赖于TND:TIM的相互作用网络（图2）。另外，作者们通过化学位移扰动、解离常数测量等方式对TND:TIM相互作用网络中的因子作用模式进行了定量的刻画。图2 转录延伸调节因子中...
一、蛋白质相互作用网络的构建方法 1.实验方法 实验方法是构建蛋白质相互作用网络的重要手段。传统的实验方法包括酵母双杂交、共免疫沉淀等。酵母双杂交方法利用酵母细胞中两个融合蛋白之间的相互作用来识别蛋白质间的相互作用关系。共免疫沉淀方法通过抗体特异性地沉淀目标蛋白及其相互作用的蛋白,从而实现蛋白质间的相互作...
蛋白质互作网络(PPI, Protein-Protein Interaction Networks)是由蛋白通过彼此之间的相互作用构成,来参与生物信号传递、基因表达调节、能量和物质代谢及细胞周期调控等生命过程的各个环节。系统分析大量蛋白在生物系统中的相互作用关系,对了解生物系统中蛋白质的工作原理,了解疾病等特殊生理...
如今,在一项新的研究中,德国马克斯-普朗克生物化学研究所的Matthias Mann教授领导的一个研究团队证实我们细胞中的蛋白也同样紧密相连。这一发现是蛋白研究领域向前迈出的决定性一步,代表了对有机体蛋白-蛋白相互作用网络的首次全面认识。相关研究结果于2023年11月15日在线发表在Nature期刊上,论文标题为“The social and ...
1.1 蛋白质相互作用网络的构建 构建蛋白质相互作用网络的第一步是识别蛋白质之间的相互作用。这可以通过实验方法如酵母双杂交、共免疫沉淀等实现,也可以通过生物信息学预测方法获得。一旦确定了蛋白质间的相互作用,就可以将这些信息可视化为网络,其中蛋白质作为节点,相互作用作为边。 1.2 蛋白质相互作用网络的分析 对PPI...
用户可以通过STRING数据库的官方网站(https://string-db.org/)访问该数据库,并使用搜索工具输入感兴趣的蛋白质或者基因的名字,将会得到与查询结果相关的蛋白质相互作用网络和其他相关信息,而用户也可以上传自己的数据集进行网络分析。 可以利用蛋白的名称,序列等多种格式进行检索,输入基因sysmbol 也是可以的。对于单个...