1933年,李济深、蔡廷锴等在福建发动反蒋事变,成立中华共和国人民革命政府,余被授予独立第一军军长。1937年卢沟桥事变发生,余宪文闻讯连夜入南京,再三要求赴前线为国杀敌。后被授予中将高级联络参谋,派赴第三战区司令部任参议。抗战胜利后,蒋介石撕毁双十协定,余宪文再次退隐,定居杭州。