为此，研究团队开发了葱属比较基因组学和功能基因组学数据库AlliumDB（https://allium.qau.edu）。该数据库包含葱属物种核和细胞器基因组、群体遗传变异、基因表达谱和共表达网络、蛋白丰度、共线性区块和同源基因、系统的基因功能注释、种质资源表型照片和性状记录，并提供了多样的查询方法，以交互的可视化和表格展示...
AlliumDB是一个针对洋葱属的综合性功能基因组学平台,集成了基因组、基因功能注释、基因组变异、基因表达、蛋白质丰度、表型和比较基因组数据(图1A)。目前,AlliumDB包含来自三个葱属物种的三个核基因组和89个葱属物种的227个细胞器基因组以及7个葱属物种的746个转录组深度测序(RNA-SEQ)数据库,420个测序或重新测序...
然而,由于其基因组体积巨大且重复序列丰富,葱属植物的基因组研究长期以来面临巨大挑战。 本研究组装了三个关键葱属作物(洋葱、大蒜和韭菜)以及外群植物非洲百子莲的高质量染色体水平基因组,并揭示了其基因组扩张的主要驱动力及代谢特性。研究发现,葱属植物基因组的扩张主要由Gypsy 型长末端重复序列(LTR)驱动,大量的重...
2023年11月6日,西北工业大学生态与环境学院蔡晶,华大研究院徐迅等在nature genetics在线发表Chromosome-level genomes of three key Allium crops and their trait evolution文章,组装了三个葱属超大基因组,并…
为此,研究团队开发了葱属比较基因组学和功能基因组学数据库AlliumDB(https://allium.qau.edu.cn)。该数据库包含葱属物种核和细胞器基因组、群体遗传变异、基因表达谱和共表达网络、蛋白丰度、共线性区块和同源基因、系统的基因功能注...
2023年11月6日,来自西北工业大学蔡晶等研究人员合作在《自然—遗传学》杂志发表了标题为”Chromosome-level genomes of three key Allium crops and their trait evolution.“的研究成果,揭示三种主要葱属作物的染色体级基因组及其性状演变。 据了解,由于缺乏高质量的参考基因组,葱属作物育种仍然严重受阻。
葱属植物富含半胱氨酸亚砜(ACSO)等硫化物,从而赋予其独特的风味、药用特性、及抗虫,抗病能力,作为蔬菜、调味品或药用植物在全球范围内广泛栽培。然而,葱属植物基因组大,重复序列高,杂合度大,使得其基因组研究进展缓慢,其基因组进化和独特风味形...
为解决洋葱基因组组装困难及注释不完善问题,韩国国立农业科学院的研究人员开展洋葱(Allium cepa L.)基因组相关研究,成功完成双单倍体洋葱 DHW30006 基因组的染色体水平组装与注释优化,为葱属植物育种和生物学研究提供重要资源。 在蔬菜的世界里,洋葱(Allium cepa L.)可是一位 “明星选手”。它不仅是人们餐桌上常见...
葱属作物是仅次于番茄的世界性蔬菜经济作物,因其富含独特的辛辣风味物质常被用于蔬菜、调味品或药用植物在全球范围内广泛栽培。长期以来,因大基因组特性,限制了其功能基因、基因组生物学和分子育种研究,特别是其遗传和亲缘关系不清、基因组进化和特殊风味形成的分子代谢基础一直未被解析。近日,浙江大学农学院喻景权/张明...
AlliumDB是一个针对洋葱属的综合性功能基因组学平台,集成了基因组、基因功能注释、基因组变异、基因表达、蛋白质丰度、表型和比较基因组数据(图1A)。目前,AlliumDB包含来自三个葱属物种的三个核基因组和89个葱属物种的227个细胞器基因组以及7个葱属物种的746个转录组深度测序(RNA-SEQ)数据库,420个测序或重新测序...