菊芋俗称洋姜,兼具生态防护和经济利用双重价值,然而菊芋基因组极其复杂,基因组的测序组装面临重复序列比例高、杂合度高、染色体数多等挑战,其六倍体基因组至今仍未破译。 研究人员利用测序等技术,完成了六倍体菊芋的高质量染色体级别组装,基因组组装大小为10.5Gb,共含有199...
图1:菊芋基因组组装 六倍体菊芋基因组极其复杂,高比例重复序列、高杂合度、染色体数多达102条等特点导致测序组装极具挑战。研究团队利用PacBio HiFi测序、Hi-C染色质构象捕获测序技术,利用开发组装算法EndHiC和组装其他动植物复杂基因组过程中积累的经验和能力,参考同属二倍体向日葵基因组、经过多轮人工校正组装,最终...
六倍体菊芋基因组极其复杂,高比例重复序列、高杂合度、染色体数多达102条等特点导致测序组装极具挑战。研究团队利用PacBio HiFi测序、Hi-C染色质构象捕获测序技术,利用开发组装算法EndHiC和组装其他动植物复杂基因组过程中积累的经验和能力,参考同属二倍体向日葵基因组、经过多轮人工校正组装,最终克服重重困难完成了六...
evolution and inulin metabolism”的研究论文,构建了六倍体菊芋染色体级别参考基因组,解析了菊芋基因组起源和演化过程,鉴定了所有菊粉代谢基因拷贝,为向日葵属作物的起源进化研究、抗逆基因挖掘、育种改良和工业
研究揭示了菊芋基因组的起源和演化过程，发现其经历了多次全基因组加倍事件。同源染色体单拷贝直系同源基因的进化分析表明，菊芋基因组包含了A1, A2和B共3个亚基因组。此外，研究还鉴定了菊粉代谢基因，发现多个基因拷贝仍处于持续进化或功能分化过程中。研究成果为向日葵属作物的起源进化研究、抗逆基因挖掘、...
鉴于菊芋集抗旱、耐寒、易繁殖、适应性广、经济用途广泛等优点于一身,很有必要对其进行基因组方面的研究。 4、菊芋的应用: 4、1、菊芋中菊粉在生产酒精方面的应用: 菊粉是一种贮存性多糖,含量可达菊芋块茎干重的78 %,是一种由呋喃构型的D-果糖经β(2→1)糖苷键脱水聚合而成果聚糖的混合物,其终端以α(1→2...
genome assembly for the hexaploid Jerusalem artichoke provides insights into its origin, evolution and inulin metabolism”的研究论文,构建了六倍体菊芋染色体级别参考基因组,解析了菊芋基因组起源和演化过程,鉴定了所有菊粉代谢基因拷贝,为向日葵属作物的起源进化研究、抗逆基因挖掘、育种改良和工业化利用提供了宝贵的...
图1:菊芋基因组组装 六倍体菊芋基因组极其复杂,高比例重复序列、高杂合度、染色体数多达102条等特点导致测序组装极具挑战。研究团队利用PacBio HiFi测序、Hi-C染色质构象捕获测序技术,利用开发组装算法EndHiC和组装其他动植物复杂基因组过程中积累的经验和能力,参考同属二倍体向日葵基因组、经过多轮人工校正组装,最终...
图1:菊芋基因组组装 六倍体菊芋基因组极其复杂,高比例重复序列、高杂合度、染色体数多达102条等特点导致测序组装极具挑战。研究团队利用PacBio HiFi测序、Hi-C染色质构象捕获测序技术,利用开发组装算法EndHiC和组装其他动植物复杂基因组过程中积累的经验和能力,参考同属二倍体向日葵基因组、经过多轮人工校正组装,最终...