然而,在药物-靶点相互作用(DTI)的预测过程中,依然存在以下挑战: 特征冗余问题:许多现有方法在处理药物分子和靶点蛋白的特征时,未能有效消减冗余信息,导致模型效率低下。 结合机制复杂性:药物分子与靶点蛋白之间的结合涉及多种非共价作用,如氢键、疏水相互作用和范德华力等,这些机制难以在传统模型中完整表征。 预测结果...
在本文中,作者开发了一个名为CoaDTI的端到端深度学习框架,以显著提高药物靶点注释的效率和可解释性。 方法 如图1所示,基于多模式共同注意力的框架CoaDTI以药物SMILES序列为输入,首先将线性序列转换为基于R半径子图(R-radius subgraph)算法的分子图,图数据被送到GraphSAGE模型,进行邻域聚合。 图1. CoaDTI模型图 考虑...
本文提出了一个基于多模态数据的药物-靶点相互作用预测系统MDTips,融合了知识(K)、基因表达谱(E)和结构数据(S)(a multi modal data based drug-target interaction prediction system fusing knowledge, gene expression profile, and structural data)。MDTips在DTI预测...
MLGANN框架构建了一个多层网络,能够将来自药物和靶点的多源信息整合到一个统一的多层网络中。不像传统模型那样分别处理药物和靶点的关系,MLGANN将多种数据源(如化学结构、药物-疾病关系、副作用等)融合在一个网络中,这使得模型既能够表示药物和靶点的直接交互作用,也能够捕捉它们内部的相似性。 1.多源矩阵构建:每种...
疏水相互作用指的是水相环境中非极性分子彼此靠近聚集的现象,原理本质比较复杂,可以简单总结为来源于熵的驱动, 可以用LogP油水分配系数量化,值越大越疏水。从总表的作用力比较中我们已经看到,疏水作用的引入可以极大地增强药物靶点作用力,药物设计中疏水作用是优先考虑的出发点,其作用距离约为3.5-5.0Å之间。若以一个...
药物与靶点的相互作用可以分为多种类型,常见的包括: 1.配体–受体结合作用 这是最常见的一种药物与靶点相互作用类型,指的是药物(配体)通过非共价键的结合与受体相互作用。这种作用可以使得受体发生构象变化、激活或抑制受体功能。 2.酶抑制作用 许多药物通过与酶结合发挥治疗效果。酶抑制剂可以通过与酶底物结合或者占...
一、药物与靶点相互作用的基本概念 药物与靶点相互作用是药物发挥治疗效果的基础。药物通常通过与特定的靶点结合,改变其构象或功能,从而产生治疗效应。靶点可以是蛋白质、核酸或其他生物分子,其在生物体内扮演着调控生物过程的重要角色。 药物与靶点的相互作用可以是可逆的或不可逆的。可逆的相互作用通常发生在药物与靶点...
特征处理模块:CSFR模块动态优化药物和靶点特征表示,剔除冗余信息。 交互建模模块:MBCA模块捕捉药物与靶点的局部交互特性,生成结合模式预测。 输出层:通过全连接层生成药物-靶点相互作用预测值,同时通过注意力权重实现可解释性输出。 图2: 多头机制捕捉生物分子子结构及其对应配体之间的多种潜在结合模式 ...
为了验证 MINDG 的有效性,在以下方面进行了实验分析:(i)与当前性能较好的药物-靶点相互作用预测方法的性能比较;(ii) 进行了消融实验;(iii) 进行了预测结果的应用研究。 在两个数据集上(BindingDB 和 DAVIS)评估 MINDG,表明与最先进的基线相比,它提高了 DTI 预测性能。MINDG 结合了图神经网络和深度学习方法的...
药物靶点是指药物在体内与生物大分子相互作用并发挥药效的特定部位，通常是蛋白质、酶、受体、离子通道等生物大分子。药物靶点分类 根据药物与靶点的相互作用方式，药物靶点可分为酶、受体、离子通道、核酸、免疫系统等不同类型。靶点与疾病关系 疾病的发生与靶点异常 许多疾病的发生与发展都与特定的生物大分子异常有关...