对来自14个国家的510份苦荞核心资源的全基因组进行重测序，构建了苦荞基因组变异图谱，解析了苦荞种质资源的遗传多样性和群体结构，揭示了苦荞的起源和传播驯化路径，明确了我国西南地区作为全世界苦荞多样性中心和栽培苦荞起源驯化中心的独特地位，为研究苦荞驯化和性状改良奠定...
近日,记者从中国农科院作科所获悉,该所特色农作物优异种质资源发掘与创新利用创新团队,牵头联合国内外10余家科研单位,对来自14个国家的510份苦荞核心资源的全基因组进行重测序,构建了苦荞基因组变异图谱,揭示了苦荞的起源和传播驯化路径,明确了我国西南地区作为全世界苦荞多样性中心和栽培苦荞起源驯化中心的独特地位。
近日,记者从中国农科院作科所获悉,该所特色农作物优异种质资源发掘与创新利用创新团队,牵头联合国内外10余家科研单位,对来自14个国家的510份苦荞核心资源的全基因组进行重测序,构建了苦荞基因组变异图谱,揭示了苦荞的起源和传播驯化路径,明确了我国西南地区作为全世界苦荞多样性中心和栽培苦荞起源驯化中心的独特地位。
近日,记者从中国农科院作科所获悉,该所特色农作物优异种质资源发掘与创新利用创新团队,牵头联合国内外10余家科研单位,对来自14个国家的510份苦荞核心资源的全基因组进行重测序,构建了苦荞基因组变异图谱,揭示了苦荞的起源和传播驯化路径,明确了我国西南地区作为全世界苦荞多样性中心和栽培苦荞起源驯化中心的独特地位。
北京时间2021年1月12日,《基因组生物学》(Genome Biology)在线发表了中外科学家联合构建的苦荞基因组变异图谱。 他们从分子水平上明确了我国西南地区作为全世界苦荞多样性中心和栽培起源驯化中心的独特地位。这为研究苦荞驯化和性状改良奠定了重要的理论基础。
2.1 苦荞基因组SSR位点特征分析 2.1.1 SSR出现的频率 苦荞8条染色体序列总长度约为451.34 Mb,共检出51 485个SSR,SSR位点平均发生率(检出的SSR个数与染色体总长度的比值)为114.07 Mb-1;苦荞基因组SSR种类较为丰富,二至六核苷酸重复类型均有,但各类型出现的频...
图1 苦荞基因组circle图 2.系统发育和全基因组复制事件分析 苦荞与拟南芥、可可、大豆、葡萄、杨树、马铃薯、番茄以及单子叶的水稻和玉米构建系统发育进化树,见下图。此外还进行基因家族聚类分析,找出共同和特有的基因家族。 图2 苦荞系统发育进化树 通过苦荞与拟南芥、苦荞与甜菜进行分析,通过Ks计算发现苦荞经历了全基...
山西省农业科学院刘惠民、乔治军、崔林研究员团队、中国科学院遗传与发育生物学研究所梁承志研究员团队与华南农业大学王俊教授团队联合完成苦荞基因组测序,这项研究结合二代、三代、Bionano、Hi-C测序数据组装获得了苦荞489.3Mb高质量染色体水平的参考基因组,安诺基因参与其中的Hi-C研究部分。
研究发现,苦荞约六千万前经历了一次最近的独立全基因组复制事件,导致基因组中很多耐逆相关基因的扩增和保留。基于比较基因组学和转录组学的研究,鉴定了编码芦丁代谢途径上编码各类酶的基因及调控这些基因表达的MYB类转录因子。研究表明,苦荞中大量可能与植物耐铝、抗旱和耐寒相关的新基因,其产物包括一些转运蛋白以及...
本研究表明,苦荞的耐受高水平非生物胁迫的能力很可能是由于参与信号转导、膜转运和基因转录调控等相关基因家族的扩增引起的。此研究有助于把苦荞变成为一个研究耐逆的模式植物。一直以来,苦荞杂交育种在生产实践中具有较高难度,其主要原因是其花器官太小(约2mm)。此参考基因组的获得将有助于通过突变体筛选结合比较...