元动力学用于增强分子动力学模拟中的采样,并将自由能表面重构为几个选定自由度的函数,通常称为集体变量(CV)。在元动力学中,在CV空间中自适应构造的与历史相关的偏置势可以加速采样,从而对对原始算法进行了显著的改进,高效、灵活和准确等优点使其在多个科学领域发现了许多成功的应用。 介绍 自20世纪50年代后期分子动力学(MD)早期出
自由能公式 自由能的公式是△G=△H-△(TS),系统吉布斯自由能变化等于焓变减温度乘熵的变化值,自由能是指在某一个热力学过程中,系统减少的内能中可以转化为对外做功的部分。 封闭系统在等温等压条件下可能做出的最大有用功对应于状态函数,吉布斯自由能(有时简称自由能或吉布斯函数,符号为G)的变化量。对于化学...
目录 收起 1.自洽直方图 案例 2.Bennett接受率法 3.对比考虑 4.计算案例 多直方图理论进一步讨论,有别于之前介绍的不同温度下的重构,深入理解多直方图WHAM,并和接受率法做对比(WHAM结果等价于Bennett的接受率法中自洽求解的方程,探讨背后的关系) 在之前的讨论中,跨能垒问题是自由能计算方法的最大阻碍,尤其...
这里，M(s) 代表块体金属的吉布斯自由能。因此，中性块体金属的溶剂化电压 (ΔV) 可确定为 其中 eU = -4.44 eV 是标准氢电极电势，因为 ΔV 是使用 U 作为参考来定义的。为了获得溶剂化电压，固体金属自由能计算如下：其中，E(M)表示块体的基态能量，ZPE表示零点能量，TS表示熵校正，N表示晶胞中的原子数...
采用MM/PB(GB)SA方法对常规分子动力学轨迹进行结合自由能计算和能量分解，暂不支持计算熵、不支持膜蛋白。预备知识 MM/PB(GB)SA 计算结合自由能的方法有很多，例如，热力学积分（Thermodynamic Integration，TI）、自由能微扰（Free Energy Perturbation，FEP）、MM/PB(GB)SA、线性相互作用能（Linear Interaction ...
采用MM/PB(GB)SA方法对常规分子动力学轨迹进行结合自由能计算和能量分解,暂不支持计算熵、不支持膜蛋白。 预备知识 MM/PB(GB)SA 计算结合自由能的方法有很多,例如,热力学积分(Thermodynamic Integration,TI)、自由能微扰(Free Energy Perturbation,FEP...
自由能指的是在某一个热力学过程中,系统减少的内能中可以转化为对外做功的部分。自由能(free energy)在物理化学中,按照亥姆霍兹的定容自由能F与吉布斯的定压自由能G的定义。 吉布斯自由能是自由能的一种。吉布斯自由能又叫吉布斯函数,(英Gibbs free energy,Gibbs energy or Gibbs function; also known as free ent...
要点:一般的DFT计算默认0K且真空,因此需要通过频率计算得到相应温度下的自由能。首先画出一个水分子,使用 dmol3 模块优化后进行频率计算,输出的 .outmol 文件中包含不同温度下的自由能数据。更多视频请前往学研汇官网(www.xueyanhui.com)下的“学研云课堂“板块,另有同步辐射数据解析...
试论理想气体自由能的普遍计算式 理想气体自由能的普遍计算式为: F = -kT ln(Z) 其中,F为自由能,k为玻尔兹曼常数,T为温度,Z为配分函数。 配分函数Z的计算式为: Z =Σexp(-Ei/kT) 其中,Σ表示对所有可能的能级求和,Ei为第i个能级的能量。 根据配分函数Z的计算式,可以得到理想气体自由能的普遍计算...
离子添加的溶剂化自由能 其中,α1和α2分别设置为0和1,并且⟨⟩表示使用玻尔兹曼因子的统计平均值,可以用AIMD轨迹平均值代替。 静电能量校正由于周期性带电体系的电势是发散的,因此在第一性原理计算软件中都加入了均匀的背景电荷来保证体系实际上是电中性的(凝胶模型);因此有离子和没离子情况下的电势零点不一样...