GlioVis 包含超过 6500 个肿瘤样本,大约 50 个表达数据集的大量脑肿瘤实体(主要是神经胶质瘤),包括成人和儿童。虽然目前只能访问原发性脑肿瘤,但未来还计划加入继发性/转移性脑肿瘤、细胞系和异种移植物的数据。GlioVis 主页上提供了可用数据集的完整列表。原始表达数据已从各种来源下载:Gene Expression Omnibus、ArrayE...
CancerSCEM 是一个基于肿瘤单细胞测序数据来分析基因表达情况的数据库。作者收录了多个公共数据库:GEO, ArrayExpress, EBM, GSA, ZENODO 多个公共测序数据存放数据库的数据。最终获得了 20 种人类癌症类型的 208 个样本。 对于收集到的单细胞测序的数据都按照常规的分析流程来进行分析。 最终就得到了 CancerSCEM 这个...
miRCacner是一个肿瘤相关的miRNA数据库,通过收集和整理文献,给出肿瘤相关的miRNA以及对应的表达趋势,网址如下 http://mircancer.ecu.edu/index.jsp 通过Browse功能,可以查看该数据库中的记录,示意如下 对于每种肿瘤,列出了相关的miRNA以及在患病者中的表达趋势,还给出了对应的文献,点击...
TCGA是The Cancer Genome Atlas的简称,由美国NIH管理,是目前出现频率最高,最权威的肿瘤公共数据库。其中收录了人体多个部位肿瘤的高通量测序/基因芯片mRNA、miRNA表达谱数据、基因组变异、甲基化等数据,以及相应样本的人口学特征及临床数据(包括暴露情况、预后、肿瘤分期、治疗手段)。为肿瘤研究的数据挖掘和课题前期分析...
数据库构建的pipeline如下图所示 首先在pubmed中用以下几个关键词进行检索 oncogene oncogenic oncoprotein proto-oncogene 得到候选的17033篇文献,然后从long non-coding RNA和oncogene两个关键词检索,得到435篇文献。另外又从oncomirdb和miRCancer数据库中得到肿瘤相关的miRNA。
华科同济医院的王雄老师课题组利用TCGA数据库,开发了一个TCGA多组学数据泛癌分析和可视化R包TCGAplot[1]。用于泛癌表达以及基因表达与 TMB、MSI、TIME 和启动子甲基化之间相关性等分析。 2,TMB简介 肿瘤突变负荷(Tumor Mutation Burden,TMB)是指单位长度中检测到的突变总数。这些突变可以是单核苷酸突变,插入缺失等。
分享三个实用的生信分析网站!1、GEPIA;GEPIA是北大张泽民教授课题组研发的在线生信分析网站,使用标准流程分析来自TCGA和GTEx数据库里面的肿瘤和正常组织的RNA测序表达数据。无需注册,免费使用,一键式出图,非常适合入门小白使用。 - 欧洲医学博士申请于20240504发布在
如果是想了解某个蛋白在不同肿瘤组织中的表达情况，The Cancer Genome Atlas Program - National Cancer ...
题目:肿瘤差异表达蛋白质及其多层次注释和药物指导数据库-dbDEPC3.0英文题目:dbDEPC3.0:thedatabaseofdifferentiallyexpressedproteinsinhumancancerwithmulti-levelannotationanddrugindication专业:食品工程研究方向:生物信息姓名:***导教师:**教授二O一八年五月学校代码:10264研究生学号:M150250465上海海洋大学硕士研究生学位论...
原标题:加州大学遗传和生物信息学团队发表人类肿瘤miRNA表达谱数据库CancerMIRNome 近日,来自美国加州大学河滨分校贾震宇教授团队,广州市第一人民医院钟惟德教授团队以及贵州省人民医院朱建国教授团队联合在国际著名期刊Nucleic Acids Research在线发表肿瘤miRNA组学数据库CancerMIRNome(http://bioinfo.jialab-ucr.org/Canc.....