因此,了解肿瘤微环境中的细胞构成、各类细胞的功能特征以及相应的针对性靶向疗法,将有助于我们读懂肿瘤相关单细胞测序文章,设计个性化的研究方案。 二、肿瘤微环境以及细胞构成 肿瘤中不仅只有癌细胞,而是由浸润细胞、常驻细胞、分泌因子和细胞外基质构成的异质集合。肿瘤细胞刺激宿主组织发生显著的分子、细胞和物理变化,以...
作者使用单细胞 RNA 测序分析来描述一组 HBV 相关人类肝细胞癌 (HCC) 患者的免疫情况和肿瘤异质性。研究发现,肿瘤相关巨噬细胞抑制肿瘤 T 细胞浸润,而TIGIT-NECTIN2 相互作用调节免疫抑制环境。免疫细胞向更加免疫抑制和详尽状态的细胞状态转变体现了整体促进癌症的免疫细胞景观。此外,全局分子图谱的异质性揭示了肿瘤...
这个视频是目前”生信自学网”课程里面课数目最多的一个课程,包括35节课,内容涵盖了肿瘤微环境、单基因、免疫细胞浸润。核心思想是通过肿瘤微环境,找到基质细胞和免疫细胞的差异基因,然后通过PPI网络核心和预后分析,找出预后相关的核心基因。从预后的挑选一个基因,进行单基因的套路分析,包括差异分析、生存分析、临床相关...
在涉及的因素中，肿瘤源性细胞因子、趋化因子甚至代谢条件（pH、氧气水平和营养素）都可以影响TME中的免疫细胞功能。根据TME的不同，免疫细胞将相应地分泌不同的因子，从而确定其抗肿瘤或促肿瘤作用。粒细胞 多项研究表明，TME中的肿瘤相关中心粒细胞（TAN）促进肿瘤细胞的增殖、外渗和迁移。TAN可释放颗粒成分，如弹性...
免疫微环境或免疫浸润分析:本质上,就是搞清楚肿瘤组织当中免疫细胞的构成比例。 2. 计算免疫微环境的常用方法: “实测法”,高精度的单细胞测序,Single cell RNA-seq等手段。即一个一个细胞去分开测序,把细胞表达都测了,通过一些标记基因,来判断到底这里面有多少类型的免疫细胞,以及每种细胞的构成比例。 “推测法...
张泽民实验室致力于用前沿的基因组学和生物信息学技术来解决癌生物学中的重要问题,用单细胞测序技术来研究肿瘤微环境,特别是浸润肿瘤免疫细胞的精确组成和功能状态,应用单细胞测序技术来研究肿瘤的异质性以及各种异质性对癌细胞的功能和药...
肿瘤免疫微环境的异质性 空间异质性 肿瘤免疫微环境的特征主要由肿瘤和非肿瘤成分决定。它们的定位或丰度/活性在空间上是不同的,包括抑制性免疫检查点(如PD-L1)的表面表达、免疫抑制或促炎细胞因子的分泌、免疫抑制或效应细胞的浸润、血管系统的状态、边缘区域的空间距离,以及代谢...
通过Find All Markers函数识别不同细胞聚类的标记基因。通过加权基因相关网络分析(WGCNA)鉴定关键模块和差异表达基因(DEGs)。使用非负矩阵分解(NMF)算法来识别基于DEGs的不同亚型,并使用多变量Cox回归分析构建预后模型。最后,研究了不同风险组之间在突变情况、免疫细胞浸润、免疫检查点抑制剂相关基因和富集通路方面的差异...
首先,我们从TCGA数据库获得了乳腺癌患者的mRNA-Seq和相关临床信息,并使用ESTIMATE算法计算了肿瘤组织的基质和免疫评分。接下来,我们进行了功能富集分析,并从与肿瘤微环境高度相关的差异基因中生成了蛋白质-蛋白质相互作用网络。最后,对TCGA的乳腺癌数据集进行了Cox比例风险回归分析,并对浸润的免疫细胞和人类蛋白质图谱...
免疫监视→免疫逃避早期发生(一个潜在的免疫抑制微环境的早期建立,免疫抑制的基因的上调)→ TME免疫抑制 慢性炎症也会导致肿瘤发生:慢性炎症组织通常以Th2型免疫反应和骨髓细胞向免疫抑制功能状态极化积累为特征 四、癌症进展:炎症催化 肿瘤生长,TME的变化: