在过去的几十年里，人们对肽-蛋白界面的结构表征的兴趣对理解这些分子间的相互作用起到了关键作用，有助于合理设计出新的候选治疗调节剂。然而，全面了解肽-蛋白质相互作用的分子细节仍然是一项艰巨的任务，这为计算方法的深入发展开辟了肥沃的土壤。目前，已有多个基于序列的肽-蛋白相互作用数据库(如ELM, DOMINO, Pe...
蛋白质与多肽之间的相互作用主要体现在蛋白质的合成和功能上。首先，在蛋白质的合成过程中，多肽链需要通过肽键连接氨基酸，并在肽聚酶的催化下逐步延长。此外，tRNA 和 rRNA 在蛋白质合成过程中也发挥着重要作用，tRNA 负责将氨基酸递送到多肽链上，而 rRNA 则组成核糖体，为多肽链的合成提供场所。其次，在蛋白质...
解离和重新结合经历了中间状态,其中肽与受体的一个侧向螺旋helix A1发生相互作用,主要涉及肽的Asp5,Val4和Glu3。这种新发现的中间结构与受体发生了多个接触,进一步促使了蛋白质多肽复合物的形成。重新结合后得到的结合复合物的结构与晶体结构非常相似,其前后的RMSD差距不超过0.48 A。Asp 5,Val 4和Glu 3残基的构象...
蛋白质相互作用在许多生物过程中起着关键而微妙的作用,其精细机制的改变通常会导致严重的疾病。肽衍生物是一种非常有前途的治疗剂,用于调节小分子化合物和抗体之间大小和特异性的蛋白质-蛋白质关联。出于同样的原因,肽基抑制剂的合理设计自然借鉴...
多肽和蛋白质之间的相互作用研究一直是生物学和生物化学领域中的热门方向之一。在过去的几十年间,研究人员们利用各种分析方法逐步揭示了多肽和蛋白质之间的相互作用机制,为相关领域的发展做出了重大贡献。 一、多肽和蛋白质的相互作用机制 多肽和蛋白质之间的相互作用涉及到众多的分子间相互作用。其中,最为重要的是疏水...
通过感谢对创作者的支持肽和蛋白质得相互作用,首次从计算角度对肽结合位点进行得全面得形态学和能量学研究。背景介绍肽-蛋白相互作用与许多细胞和代谢系统得信号转导和调节网络有关,并与人类疾病如癌症和神经退行性疾病得发生密切相关。在过去得几十年里,人们对肽-蛋白界面得结构表征得兴趣对理解这些分子间得相互作用...
文章提出了一个可多层次预测多肽-蛋白相互作用的深度学习框架(CAMP)。该模型包括二元多肽-蛋白相互作用预测和相应的多肽结合残基鉴定，通过综合测试指标表明，CAMP可以成功地捕获多肽和蛋白质之间的二元相互作用，并识别参与相互作用的多肽上的结合残基。此外，CAMP在二元多肽-蛋白相互作用预测方面优于其他最先进的方法。...
通过关注肽和蛋白质的相互作用,首次从计算角度对肽结合位点进行的全面的形态学和能量学研究。 背景介绍 肽-蛋白相互作用与许多细胞和代谢系统的信号转导和调节网络有关,并与人类疾病如癌症和神经退行性疾病的发生密切相关。在过去的几十年里,人们对肽-蛋白界面的结构表征的兴趣对理解这些分子间的相互作用起到了关键作...
文章提出了一个可多层次预测多肽-蛋白相互作用的深度学习框架(CAMP)。该模型包括二元多肽-蛋白相互作用预测和相应的多肽结合残基鉴定,通过综合测试指标表明,CAMP可以成功地捕获多肽和蛋白质之间的二元相互作用,并识别参与相互作用的多肽上的结合残基。此外,CAMP在二元多肽-蛋白相互作用预测方面优于其他最先进的方法。模型...
生物活性肽代表了一类不同种类的生物分子。通过与蛋白受体相互作用,这些生物活性肽调节多种生物过程,包括免疫反应、蛋白转运、信号转导、神经调节和细胞存活。多肽-蛋白质相互作用的特性对于理解这些功能分子的调节机制至关重要。到目前为...